根据《意见》，我国将对全日制和非全日制研究生招生计划实行统一管理，取消国家计划和自筹经费“双轨制”，推进学术学位与专业学位硕士研究生分类考试。
在研究生培养模式方面，学术学位研究生将以提高创新能力为目标，专业学位研究生将建立以提升职业能力为导向，推动专业学位与职业资格的有机衔接。同时，加大考核与淘汰力度，实行严格的中期考核和论文审核制度，建立学风监管与惩戒机制，对学位论文作假者取消学位申请资格或撤销学位。
为防止形成导师终身制，《意见》要求改变单独评定研究生导师资格的做法，根据年度招生需要，综合考虑学科特点、师德表现、学术水平、科研任务和培养质量，确定招生导师及其指导研究生的限额。研究生发生学术不端行为的，导师应承担相应责任。
《意见》强调要改革质量评价机制。加快建设以教育行政部门监管为主导，行业部门、学术组织和社会机构共同参与的质量监督体系。加强研究生教育质量评估，加大学位论文抽检力度，改进优秀博士学位论文评选办法，统筹学科评估。对评估中存在问题的单位，视情做出约谈、减少招生计划、停止招生直至撤销学位授权的处理。
另外，在职人员攻读硕士专业学位和授予同等学力人员硕士、博士学位工作的管理将规范。研究生培养单位不得以“研究生”和“硕士、博士学位”等名义举办课程进修班。
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