京都大学是继东京大学之后成立的日本第二所国立大学。1892年，23位国会议员在向国会提出的一个议案中提出，日本仅有一所东京国立大学，缺乏竞争，对办学和学生的培养都不利，建议在当时的西京-京都建一所大学，1897年议案被通过，大学得以诞生，当时定名为京都帝国大学。
专业设置
| 研究科 | 专业设置（修士课程） |
| 文学研究科 | 文献文化学、思想文化学、历史文化学、行动文化学、现代文化学 |
| 教育学研究科 | 教育科学、临床教育学 |
| 法学研究科 | 法政理论 |
| 经济学研究科 | 经济系统分析、经济动态分析、现代经济·经营分析 |
| 理学系研究科 | 数学·数理解析、物理学·宇宙物理学、地球行星科学、化学、生物科学 |
| 医学研究科 | 医科学、人类健康科学 |
| 药学研究科 | 创药科学、生命药科学、医疗药科学、医药创成信息科学 |
| 工学研究科 | 社会基础科学、都市社会工学、都市环境工学、建筑学、机械理工学、微机工程、航空宇宙工学、原子核工学、材料工学、电气工学、电子工学、材料化学、物质能源化学、分子工学、高分子化学、合成·生物化学、化学工学 |
| 农学研究科 | 农学、森林科学、应用生命科学、应用生物科学、地域环境科学、生物资源经济学、食品生物科学 |
| 人类·环境学研究科 | 共生人类学、共生文明学、相关环境学 |
| 能源科学研究科 | 能源社会·环境科学、能源基础科学、能源变化科学、能源应用科学 |
| 亚非区域研究研究科 | 东南亚地域研究、非洲地域研究 |
| 信息学研究 | 智能信息学、社会信息学、复杂系科学、数理工学、系统科学、通信信息系统 |
| 生命科学研究科 | 统合生命科学、高等生命科学 |
| 地球环境学舍 | 环境管理 |
