保加利亚的高等教育法规定，高等教育的目的是发展科学文化，培养能在人类活动中发展和使用科学知识的高水平专业人才。
保加利亚高等教育的办学体制是由政府通过法律，财政拨款和评估授权等行政手段进行宏观管理，扩大高等院校的办学自主权。
政府的主要职能是确定高等教育的办学方向;制定相应的教育法规;确定高校的办学规模、收费标准;组织对高校的评估和授权注册;就各类高校的设立和关闭向国民议会提出建议;协调国家与高校的关系。政府管理高等教育的部门为保加利亚教育和科学部。
政府还专门设立国家评估和授权委员会。评估和授权委员会由在科学领域已取得高级职称的23名专家组成，其中包括14名高等学校代表，7名保加利亚科学院和农业科学院代表，2名教育部代表。评委任期四年。该委员会可根据各种评估和授权活动的需要成立专家小组。评估和授权委员会对各高等院校的办学方向，培养目标，系和专业设置，教学科研状况，考试程序和标准，师资结构等各个环节进行评估，以决定是否授予办学权。授权的有效期为五年。未参加评估和授权程序的学校五年内国家不向其提供任何形式的财政资助。评估不合格的高校，视其具体情况或部长会议的建议可以得到一次性国家资助。
政府允许私人办学。私立高校的建校方案，办学条件需经评估授权委员会评估后向国民议会提出建议，由国民议会批准。
政府给予高校有充分的办学自主权。其中包括****选举高校的管理机构;在法律基础上建立校规校纪;自主决定教师的构成和招聘;自主安排教学和科研计划;有权组建基金会并自主决定其经费的使用;有权单独与政府或其它高校、科研机构以及企业签订协议，联合培养社会需要的专业人才以及应用科学的研究;有权进行国际合作，参加世界性组织等。
高等学校的校级管理机构包括校代表大会，校务委员会，校长。
学校下设系(学院、分院)和教研室。系、学院、分院都具有法人地位。系级管理机构是同级的代表大会，系务委员会和系主任。教研室则为教研室会议和教研室主任。
校代表大会代表中教职工代表不少于70%，学生代表不少于15%。各级管理机构每四年改选一次。代表大会以无记名投票方式选出校长(系主任、教研室主任)以及校务委员会(系务委员会)成员。
校代表大会由校长或根据四分之一以上代表要求每年召开一次。
校务委员会是代表大会选出的常设领导机构，其成员由教职工和学生代表组成，其中教授和副教授不少于四分之三。校务委员会决定学校的教育政策、教学科研计划、专业设置、招生人数、人事制度、经费预算、评定优秀教师，以及根据校长的建议选举副校长。
校长是学校的法人，根据法律规定是校务委员会主席，对外代表学校。
保加利亚高等教育体系分以下几个等级：
第一等级——根据教学计划在最短四年期限内毕业的学生授予学士学位。
第二等级——在不少于五年期限内或取得学士学位后继续深造一年毕业的学生授予硕士学位。
第三等级——在取得硕士学位后至少深造三年毕业的学生授予博士学位。
接受至少三年高等教育的学生可获得大专资格。
各等级的学位授予必须通过考试和论文答辩。
保加利亚的考试评分标准为6分制。考试成绩至少为3分才被认为通过考试。
高等学校教师实行聘任制。聘用与解聘教师由校务委员会决定，由校长与聘用教师签订劳动合同。一般每三年对教师进行一次评估，两次评估未通过将解除劳动合同。
保加利亚目前有国立大学36所，私立大学5所，国立大专45所，私立大专3所。大学的系科专业180个。每万名居民拥有大学生245人。师生比例1：13。
36所国立大学包括综合大学7所，理工类大学10所，医学类6所，经贸类3所，艺术院校4所，农业、林业、体育、民族大学各1所，军事院校2所。国立大学的经费主要来源于国家预算拨款。1998年和1999年保加利亚国家中央预算支出总额分别为41697亿7120万列瓦和49531亿2660万列瓦。其中36所国立大学的资助金预算拨款分别为1279亿1163万列瓦和1720亿5172万列瓦。
除国家预算拨款外，学校还有校办企业及与其它经济部门合作项目的收入，培训和科研合同收入，发明权、股份、专利所得及赠送等收入。从1999年起，保加利亚高校学生试行交费上学。学生交费一般占学生培养费的百分之三十。
