查账的步骤一般是，先将企业每月申报的税纳金额，打印出一份清单，然后根据账面销售收入、已开票收入、未开票收入确定应税额，再根据清单比对，看企业是否有少报税。企业所申报的税种一般都会查到，根据管辖范围及是否带有特定目的，是发票检查、有人举报还是某种专项检查，侧重点会有所不同，重点在“印花税”“所得税”和“营业税”，前者是按合同，有些公司申报印花税时按销售收入来申报就会导致印花税交税不足。例如：合同100万，分期付款，1月50万，2月50万，公司申报印花税时，要在1月就申报100万，而不是分两个月各50万来申报。后两者是按销售收入计算，另外，查个人所得税，主要看工资薪酬是否有按规定交个税，或企业人数，是否有交社保等。一般较大金额的支出会看原始凭证，检查发票真伪等，税务人员还可能会看账本外很多东西，如：银行对账单、销售及进货合同、人员花名册、用工合同等。
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