为了防止不当使用政府研究费、编造资料等不当行为，日本文部科学省（教育科学部）决定重新检视研究者补助经费规定，从2013年度（4月）开始强化罚则之方针。对于将政府研究费私自流用的恶质研究者，採停止申请资格由现行5年提昇至10年的罚则。再者，新规定也将追究上级管理者监督之责。
2012年日本的政府研究费约日币4,300亿?，文科省就占约日币3,580亿?，其中约日币2,570亿是科学研究补助费（科研费）。这种补助金，因为研究者竞相获得，称为「竞争性资金」。关于这种政府研究费，频频发生因为无法在年度内将金额使用完毕，而以「购买消耗品」名义预存于交易企业的所谓「预放款」等不当使用情形，文科省在2007年即制定管理监督指南，要求各大学严格遵守採购、验收等确认管考系统。
不过，依据文科省的调查，2007年至2011年的5年间，仅是科研费就发现约300名研究者以不当使用而遭到停止申请资格，追缴约日币3亿?。2011年发现大阪大学虚报出差经费约日币4,000亿?；2012年发生北海道大学35名教师约日币2亿2,300万?的预放款。因此，文科省、厚劳省（卫生福利劳动部）、内阁府及总务省（内政部）等8中央部会于2012年10月联合提出给予不当使用研究费的统一性罚则（Penalty）。依据新的罚则，发生私自流用补助款者，停止申请期间延长为现行2倍的10年。流用至其他研究等不当使用情形者，停止申请期间也从「2年至4年」延长至「1年至5年」。凡经判定为影响社会重大、恶行重大者，即适用5年规定。
另外，也新规定追究管理研究费的上级责任；即使没有直接参与不当使用，对于怠忽必要监督之注意义务的上级管理者，最长将停止申请资格2年。对于使用政府研究费却发生不当研究行为的罚则也变得更为严格。编造或抄袭论文等在研究初期即意图不当行为者，停止10年的申请资格。
在日本，研究者一旦没有政府研究费，其研究生命即陷于危机。文科省研究振兴局指出，针对恶质事例，包括上级管理者也给予严格处分的罚则，将可以提高抑制不当流用研究费的效果。
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