学校校本部设有10所学院，包括基础医学院、公共卫生与家庭医学学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、继续教育学院及国际学院;学校现拥有16所临床医学院(其中15所临床医学院是附属医院)，包括宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)和康复医学院(中国康复研究中心)，以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有首都医科大学神经外科学院、首都医科大学眼科学院、首都医科大学耳鼻喉科学院3个专科学院以及30个专科学系。
学校和附属医院现有教职员工和医务人员22895人(校本部1551人，附属医院21344人)。有院士6人，特聘顾问9人，正高职称1306人，副高职称2426人。其中教授412人(校本部93人，附属医院319人),副教授705人(校本部167人，附属医院538人)。现有全日制在校生9187人，其中研究生2356人，长学制学生1502人，本科生2917人，高职高专生2150人，留学生262人;成教学生4894人。学校目前有17个国家级和市级特色专业，24门国家级和市级精品课程，7个国家级和市级实验教学示范中心，4个国家级和市级人才培养模式创新实验区，4个北京市级校外人才培养基地和素质培养基地，18个国家级和市级优秀教学团队，10名国家级和市级教学名师。通过教育教学改革建设实践，学校获得教育教学成果国家特等奖1项、二等奖5项，北京市特等奖1项、一等奖9项、二等奖20项。学校学科专业齐全,学科力量雄厚。现有8个国家重点学科，2个国家重点(培育)学科，8个国家中医药管理局重点学科，2个北京市一级重点学科，8个北京市二级重点学科，2个北京市一级重点建设学科，12个北京市二级重点建设学科，1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地，1个教育部重点实验室，3个教育部省部共建重点实验室，5个北京市重点实验室;有41个博士学位授权点，78个硕士学位授权点和5个博士后科研流动站。除了法医学外，实现了生物医药学科硕士学位点一级学科的全覆盖。
校本部和附属医院总占地面积117.4万平方米(其中校本部24.7万平方米,附属医院92.7万平方米);总建筑面积177.6万平方米(校本部23.5万平方米，附属医院154.1万平方米);固定资产总值99亿元(校本部10.9亿元，附属医院88.1亿元);教学科研仪器设备总值17.9亿元(校本部6.8亿元，附属医院11.1亿元);图书馆藏书115.4万册(校本部74.2万册，附属医院41.2万册);住院病床14134张。学校开办的七年制专业中设有临床医学和口腔医学;本科专业中设有临床医学、基础医学、口腔医学、预防医学、药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、公共事业管理(卫生事业管理)、医学实验学、法学(卫生法学)、临床药学、医学检验等16个专业。高职高专教育设有护理、医学检验技术、药学等14个专业。学校以培养高层次本科生与研究生为核心、以临床应用型人才为主，兼顾培养预防、康复、生物医学工程和医学基础各学科各层次人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。
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