创建于19、20世纪之交的圣约翰大学医学院、震旦大学医学院和同德医学院三座古老的医学殿堂，于1952年合并成立了上海第二医学院，1985年改名上海第二医科大学。2005年7月，两所有着百余年办学历史的大学——上海交通大学和上海第二医科大学合并，成立了新上海交通大学和上海交通大学医学院。
医学院坚持发扬“海纳百川、博采众长”的优良传统，大力弘扬“博极医源、精勤不倦”的医学院精神，逐渐形成了富有自身特点的办学风格和特色。两校合并之后，医学院人在“除人类之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“饮水思源、爱国荣校”的责任与梦想。
学院拥有一批国内著名的医学专家和学者，有中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家8人等一批在国内外有一定影响的学者。有博士后流动站4个，一级学科博士点5个，二级学科博士点32个，二级学科硕士点42个。本科以上学生六千余名，其中研究生近50%。
在党的教育方针指导下，以“一流交大，一流医学院”为目标的交大医学院，以塑造高素质精英、培养创新能力为人才培养目标，教学质量有了很大的提高。目前设有临床医学八年制和口腔医学七年制本博和本硕连读的长学制专业，有临床医学、预防医学、医学检验、护理学、营养学等本科专业。其中，临床医学、口腔医学、医学检验、护理学专业为教育部特色专业。教育部学位与研究生教育发展中心公布的《学位学科评估高校排名结果》，我院临床医学专业和口腔医学专业分列排名第一、二位。
学院历来重视基础与临床教学基地建设，在长期的医学教育实践中，形成了重视临床实践、全面提高素质、严格质量把关、力求改革创新的教学传统和特色。目前拥有7所综合性附属医院和5所专科性附属医院和16个临床教学中心，核定床位12000余张，是全国临床教学资源最丰富的医学院校，也是教育部本科教学工作水平评估“优秀”学校。设有临床医学院的附属瑞金医院、仁济医院、新华医院、上海市第九人民医院、上海市第六人民医院、上海市第一人民医院均为卫生部命名的三级甲等综合性医院。
学院学术气氛浓厚，学科优势明显，现有国家教育部重点学科14个，国家重点实验室和工程中心3个，教育部重点实验室和工程中心4个，卫生部重点实验室4个，世界卫生组织(WHO)合作中心3个，及一批“211工程”重点建设学科。学院科研成果卓著，科研项目经费数始终在国内医学院校中处于领先地位。科研项目、科研经费及国家重大重点项目承担数在全国医学院校中处于领先地位。“十一五”期间，学院以第一完成单位共获得市(部)级科技成果奖180项，其中国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖14项，王振义院士荣获2010年度国家最高科学技术奖。
目前，学院与美国、法国、日本、比利时、澳大利亚、瑞典、香港等19个国家或地区的61所大学及科研机构开展了广泛的合作和交流;聘请了250多位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授;与世界卫生组织、联合国人口基金会、美国民间健康基金会等建立了广泛的友好合作关系。
学院地处上海市中心繁华地区。原震旦大学的法式建筑镶嵌在园林式的绿色丛中。为适应医学教学的发展，四百亩闵行的医学院新校区正在规划之中。
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