菏泽学院成立以来，在上级党委、政府和教育主管部门的坚强领导下，经过全校师生的共同努力，学校各项事业都获得突飞猛进的发展。现分为北校区、东校区、西校区3个教学生活区，占地面积1400余亩，建筑面积47万余平方米，仪器设备总值8000余万元，馆藏纸质图书120余万册、电子图书100万余种，并建立了现代化电子图书阅览系统。开设本、专科专业77个，其中本科专业40个，涉及文史、经法、理工、农学、教育、管理等9大学科门类;有省级重点学科1个，省级特色专业3个，省级精品课程5个。面向25个省、自治区招生，全日制在校生17000余人，成人教育、远程教育和职业教育在读生13000余人。教职工1300余人，具有硕士、博士学位的547人。具有高级职称的346人。教师中有享受国务院政府特殊津贴的专家3人，全国优秀科技工作者1人，山东省有突出贡献的中青年专家3人，省级教学名师4人，省级优秀教学团队1个。
为适应高等教育发展的需要，努力把菏泽学院建设成为多学科、地方性、优秀的普通本科高校，建院升本之初，学校以科学发展观为指导，在深入调查研究的基础上，制订了“353”三步走的发展战略：第一步，2005-2007年，基本完成学科建设、培养模式、办学层次、管理体制的结构性调整，逐步扩大本科办学规模，普通高等教育学生达到16000人，将学校建设成为多学科教学型的本科院校。这一目标已经实现。第二步，2008-2012年，在巩固深化提高发展的基础上，全方位提高办学水平，突出办学特色，基本实现专业教育本科化，形成良性发展态势。本科教育达到三分之二以上，为开展研究生教育创造条件。完成二期工程首期建设任务，顺利通过教育部本科教学工作水平评估，将学校发展成为综合性教学型的合格本科高校。第三步，2013-2015年，在稳定办学规模的前提下，突出内涵发展，全力提高办学质量。坚持“人无我有、人有我特”的原则，打造一批省内国内知名学科和优势专业，培养、引进、聘用一批知名学者和学科带头人，将学校建设成为综合性教学型本科大学，为今后创建综合性的教学科研型本科大学打好基础，力争成为在全省和苏鲁豫皖边界地区有一定影响的、特色鲜明的地方名校。
按照学校发展目标，全校师生团结一致，开拓进取，学校教学质量和科研成果较以前都有明显提高，规模、质量、结构、效益协调发展，平安校园、文明校园、和谐校园建设取得了突出成绩，多项工作获得上级表彰奖励，被评为“省级文明单位”“省级花园式单位”“山东省高校平安校园”“山东省高校民主管理先进单位”“全国无偿献血先进单位”“全国大中专志愿者暑期‘三下乡’社会实践活动先进单位”等，获得了省级思想政治工作创新奖等奖励。
菏泽市委、市政府高度重视菏泽学院的建设与发展，举全市之力筹建菏泽学院，从政策、人才、资金等方面为学校建院升本提供了大力支持。菏泽学院建成后，为进一步完善学校办学条件，壮大学校办学实力，推动学校加快发展，菏泽市委、市政府支持学院规划了二期工程。二期工程完成后，菏泽学院总占地面积将达到2000余亩，建筑总面积72万平方米，容纳在校生23500人。二期工程建设已全面启动，正在紧锣密鼓进行之中。
随着改革开放的不断深入，伴随着中国高等教育迅速发展的步伐，学校办学规模将不断扩大，办学层次将逐步提升，作为鲁西南文化传播中心、现代科技创新基地、培养高素质人才摇篮的作用将更加明显。菏泽学院必将成为菏泽一道亮丽的风景线，成为京九线上一颗璀璨的明珠。
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