学校办学历史悠久。创建时称广西省立医学院，之后校名曾先后改为广西大学医学院、广西军医学校、广西省立医药专科学校、广西省医学院、广西医学院。校址也因时局多次迁徙，1954年7月，学校从桂林搬迁到南宁现址。1996年6月，国家教育部批准更名为广西医科大学。
学校现设有23个二级学院，1个教学部，11所附属“三级甲等”医院(含8所非直属医院)，71个教学实习基地。其中第一附属医院、肿瘤医院、口腔医院3所直属附属医院分别是广西规模最大的“三甲”综合医院和专科医院，均获“百姓放心医院”称号;第一附属医院是全国“百佳医院”。
学校拥有临床医学、基础医学、药学、公共卫生与预防医学4个博士后科研流动站，1个临床医学博士专业学位授权点，儿科学、人体解剖与组织胚胎学、药理学、肿瘤学、病理学与病理生理学、耳鼻咽喉科学、内科学、外科学、流行病与卫生统计学9个学科有博士学位授予权，4个一级学科(生物医学工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学)和39个二级学科硕士点，临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士(MPH)3个专业学位授权点;有1个七年制临床医学专业，临床医学、口腔医学、预防医学、药学、护理学、信息管理与信息系统(医学)、医学检验、英语、公共事业管理、生物医学工程、社会工作、生物技术等12本科专业，9个高职专科专业(医疗美容技术、康复治疗技术、医学检验技术、口腔医学技术、药学、护理学、计算机信息管理、心理咨询、医学营养));有临床医学、口腔医学、预防医学、护理学、药学5个国家级特色专业建设点。2004年获广西高校第一批“广西临床医学人才小高地”。
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