1999年军工院校管理体制改革后，东华理工大学由原国防科工委管理调整为以江西省人民政府管理为主，实行江西省人民政府与工业和信息化部国防科技工业局(原国防科工委)共建的管理体制，并于2001年签署了省部(委)共建东华理工大学协议。在全国首创了部属高校管理体制调整后进行省部(委)实质性共建的新模式。学校设有地球科学与测绘工程学院、核工程技术学院、土木与环境工程学院、信息与电子工程学院、化学生物与材料科学学院、经济与管理学院、文法与艺术学院、外国语学院、数学与信息科学学院、海军后备军官学院、国防科学技术学院、高等职业技术学院、继续教育学院、研究生部、体育学院、教育心理学教学部等教学单位。
东华理工大学在校生26000余人，是全国首批学士学位和第四批硕士学位授权单位;2000年学校获准开展在职人员以同等学历申请硕士学位工作;2002年获准开展工程硕士学位工作。近几年，还与南京大学、中国地质大学等单位在4个专业合作培养博士生。现有30个硕士学位授权点、2个工程硕士授权点、55个本科专业(其中6个被列为江西省首批品牌专业)、11个国防军工专业(含5个国家管理专业)、1个国防重点专业、14个省部级重点学科、14个江西省品牌专业。
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