北海道大学的前身为1876年(明治9年)为开发北海道而设立的札幌农学校，是日本首座授予学士学位的大学。首任校长为美国马萨诸塞州农科大学校长克拉克博士。克拉克博士在返回美国时候，经过札幌附近的岛松时，骑在马上，对送别的师生们大声说了一句话，“青年们，要胸怀大志”(少年よ、大志を抱けBoys，be ambitious)。从此，这句话就成了北海道大学的校训流传至今。在克拉克博士离任后，他所宣讲的基督教精神仍留存在校园内，尽管该校为国立学校，但在学生中流“信耶稣誓约”，从中诞生了新渡户稻造，内村鉴三等日本战前杰出的基督教徒。
专业设置
本科院
医学部
兽医学部
齿学部
药学部
理学部
农学部
法学部
经济学部
文学部
教育学部
水产学部
研究生院
地球环境科学研究生院
国际广播媒体研究生院
信息科学研究生院
另有各个研究所(低温科学研究所等)
研究科专业设置：
| 研究科 | 专业设置 |
| 综合化学院 | 综合化学 |
| 文学研究科 | 思想文化学、历史地域文化学、语言文学、人类系统科学 |
| 法学研究科 | 法学政治学、法律实务 |
| 经济学研究科 | 现代经济管理、会计信息 |
| 医学研究科 | 医学、医科学 |
| 齿学研究科 | 口腔医学 |
| 工学研究科 | 应用物理学、有机工程工学、生物机能高分子、物质化学、材料科学、机械宇宙工学、人类机械系统设计、能源环境系统、量子理工学、环境场工学、北方圈环境政策工学、建筑都市空间设计、空间性能系统、环境创生工学、环境循环系统 |
| 兽医学研究科 | 兽医学 |
| 信息科学研究科 | 复合信息学、计算机科学、信息电子工学、生命人类信息科学、媒体网络、系统信息科学 |
| 水产工学院 | 海洋生物资源工学、海洋应用生命科学 |
| 环境工学院 | 环境起学、地球圈科学、生物圈科学、环境物质科学 |
| 理学院 | 数学、化学、量子力学、宇宙理学、自然史科学、生命理学 |
| 药学研究院 | 创药科学、医疗药学 |
| 农学院 | 共生基础学、生物资源科学、应用生物科学、环境资源学 |
| 生命科学院 | 生命科学 |
| 教育学院 | 教育学 |
| 国际宣传媒体·观光学院 | 国际宣传媒体、观光创造 |
| 保健科学院 | 保健科学 |
| 公共政策学教育部 | 公共政策学 |
