1983年，南华寺最早一批被国务院定为国家重点寺院。
禅宗是中国的独创，是典型的中国化佛教。印度佛教只有禅学，没有禅宗。相传达摩从印度来到北魏，提出一种新的禅定方法。达摩把他的这一禅法传给慧可，慧可又传给僧璨，然后传道信、传弘忍。弘忍之后分成南北二系;神秀在北方传法，建立北宗;慧能在南方传法，建立南宗。北宗禅秀不久渐趋衰落，而慧能的南宗经弟子神会等人的提倡，加上朝迁的支持，取得了禅宗的正统地位，因而成为中国佛教的主流，慧能也因而为成为禅宗实际上的创始人。由于从达摩到慧能经过六代，故传统旧说将达摩视为“初祖”，而把慧能称为“六祖”。
禅宗创立之后，影响不断扩大，自身也不断发展，形成了曹洞、云门、法眼、临济、沩仰五大宗派(世称“五家”异花竞放的局面，它们不但取代了国内其人宗派的地位，而且还传播到国外。公元九世纪，传入朝鲜;公元十二、三世纪，又传入日本，并成为这些国家佛教的主流。此后，禅宗又自东亚传至东南亚乃至欧美等国。现在，每年都有大批国外的佛教徒前来南华寺朝拜祖庭。
南华寺始建于南北朝明的梁天监元年(公元502年)。据史料记载，是年印度高僧智乐三藏自广州北上，途经曹溪，“掬水饮之，香味异常”，“四顾群山，峰恋奇秀”，“宛如西天宝林山地”遂建议在此建寺。天监三年，寺庙建成，梁武帝赐“宝林寺”名。后又先后更名为“中兴寺”、“法泉寺”、至宋开宝元年(公元968年)，宋太宗敕赐“南华禅寺”，寺名乃沿袭至今。
南华寺目前所见格局，重修于民国23年(1934年)，由时任广东西北区绥靖公署主任李汉魂资助，著名高僧虚业和尚主持，历时十年，表建成殿堂房舍243楹，新塑圣象690尊，使南华寺成为广东省首屈一指的佛教圣地。现全寺建筑面积1.2万平方米，殿宇建筑保留了中国古代建筑的风格，呈中轴线两边对称布局。从正门进入，次是曹溪门、放生池、宝林门、天王殿、大雄宝殿、藏经阁、灵照塔、六祖殿、方丈室。在大雄宝殿里，三尊贴金大佛高达8.31米，四壁罗汉彩塑多达500多个，皆为艺术珍品。在六祖殿里，供奉着六祖慧能大师以及憨山大师和丹田祖师的真身。左右两边墙壁，还新镶嵌了二十九块石刻，上面按禅宗典籍的记述分别刻着南岳怀让、百丈怀海、沩册灵佑、仰山慧寂、临济义玄、去门文偃等二十九位慧能的继席贤僧画像。寺后右面有一眼旧锡泉(俗称九龙泉)，泉水终年流涌不绝，清澈冰凉，传说当年六祖慧能常在此浣洗架裟，苏轼曾为之作《卓锡泉铭》。泉的前面有九侏被称为“植物活化石”的水松，其呈棵高达40多米，据专家考证，这是全世界最高的水松，树龄超过500年。南华寺现存六祖真身、唐元明代圣旨、御制金丝千佛袈裟、清代《大藏金》、铁铸观音等国家一级保护文物三百多件。
宋代大文学家苏轼在写给友人的一首诗中曾表达了如此深挚的向往之情：“水香知是曹溪口，眼净同盾古佛衣，不向南华结香火，此身何处是真依?"南宋民族英雄，曾写下”人生自古谁无死?留取丹心照汗青“”千古绝唱的文天祥，也写下了《望南华》这样真挚动人的诗篇：“北行近千里，迷复忘西东。行行至南华，匆匆如梦中。佛化知几尘，患乃与我同。有形终归灭，不灭惟真空。
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