联邦层面的科研资助分两方面：由联邦教育和科研部(BMBF)负责科学政策和科学战略协调;由联邦经济与技术部(BMWi)负责创新政策和工业科研。此外还有其他联邦部门在各自职能范围内进行研究活动。这种模式也被各州效仿。州政府实施各自的研发战略，对大学也起着指导性的作用。
研究资助执行机构有：联邦教育和科研部自身，它运行着众多项目;德国科学基金会(DFG)，主要资助高校及科研机构科研活动，有精英计划(Exzellenzinitiative)等项目。它促进了科研在德国的地位、青年学者的培养以及国际合作。
德意志学术交流中心作为德国高校的联合组织，也资助国际学术交流，并促进国际研究合作。其任务重点在于通过发放奖学金培养青年学者，促进机构间合作。其资金主要由德国联邦教育和科研部以及德国联邦外交部提供。
亚历山大。冯洪堡基金会(Alexander von Humboldt-Stiftung)同样为科研人员提供资助，其宗旨是为外国高水平学者提供在德国从事科学研究的机会，并保持和维系由此建立起来的学术联系。
