西马的铁路系统由马来亚铁路局管理，由新加坡出发一路往北连接了西马地区的主要城镇;东马则仅有一条在沙巴境内负责货物运输的铁路服务。
马来西亚的主要港口包括了巴生港(Port Klang)和丹戎帕拉帕斯港(Port of Tanjung Pelepas)，其他较次要的港口有基度龙角(Tanjung Kidurong)、亚庇(Kota Kinabalu)、古晋(Kuching)、巴西古当(Pasir Gudang)、关丹(Kuantan)、槟城(Penang)、美里(Miri)、山打根(Sandakan)、斗湖(Tawau)等。
马来西亚的主要机场是吉隆坡国际机场，次要的机场有梳邦再也国际机场、亚庇国际机场、古晋国际机场、浮罗交怡国际机场、槟城国际机场和士乃国际机场;另外在内陆地区也有供小型飞机起落的简易机场。提供国际航空服务的公司有马来西亚航空、新加坡航空、国泰航空等，提供国内航空服务的公司则有亚洲航空和飞荧航空。
