从1990年起，除国立大学、国立学院外，还同时存在教会大学，教会学院，私立和基金会大学和学院。截止2006年，匈牙利的高等教育机构分大学和学院两类。学院3-4年，大学4～6年，医科大学7年。
1999年，匈牙利与欧盟国家教育部长共同签署的博洛格瑙伊(Bolognai)宣言，即欧洲高等教育范围纲领宣言。宣言的基本目的是，为享受高等教育的人提供三个阶段的学习机会和建立欧洲统一的学分制。
第一个阶段为打基础的阶段(相当于以前的学院水平)，学期3到3年半。这期间需获得180到210个学分(一个学分相当于30个课 时)，毕业时获得学士学位(理科学士BSc和文科学士BA)。对这段教育有两个要求：为学生今后的继续深造打下基础;同时也要让学生掌握步入劳动市场时所必需的实践专业知识。
第二个阶段(相当于从前的大学水平)：得到学士学位的学生如果想继续深造，可凭学士毕业文凭报考为期两年的高等教育机构，这期间需获得120个学分，毕业后获得硕士(理科硕士MSc和文科硕士MA)文凭。
第三个阶段为为期三年的博士生阶段：需获得180个学分，毕业 时发给博士(哲学博士PhD和文科博士DLA)文凭。为期6年的医科大学(医生、兽医、药剂师和牙科专业)和为期5年的法律大学不颁发完成基础阶段的学士学位文凭。
介绍匈牙利自2003年就起推行学分制。2006年起实行三阶段模式的高等教育制度。这种制度的优越性在于：
1/ 学生可以自己掌握学习进度。比如，第二个阶段通常为2年，如有的学生在2年之内没有获得120个学分，他可以用2年半或3年取得120个学分，满120分学校就会颁发毕业证。当然国家并不主张延长学习期限。
2/ 避免老教育制度的一些弊病。比如，过去学生一门课不及格，就得重读半年。而现在学生可继续学习，只需在下学期补上这科的学分。
3/ 现行的制度规定，学分不一定要在本学校获得，可在其他学校，也可在欧盟其他国家的高教机构获得。
4/ 顺应社会进步和科技发展，淘汰老专业，增添新专业。仅2006年就增添了101个新专业。
