此外还有一个继续教育学院。在35个学院中，众灵学院没有学生，只有院士(包括访问院士)。各学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师(院士)来自不同的专业学科。
牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。
与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。
学院
万灵学院(All Souls College)
贝利奥尔学院(Balliol College)
布雷齐诺斯学院(Brasenose College)
基督教堂学院(Christ Church)
基督圣体学院(Corpus Christi College)
艾克塞特学院(Exeter College)
格林坦普顿学院(Green Templeton College)
哈里斯˙曼彻斯特学院(Harris Manchester College)
赫特福德学院(Hertford College)
耶稣学院(Jesus College)
基布尔学院(Keble College)
凯洛格学院(Kellogg College)
玛格莉特夫人学堂(Lady Margaret Hall)
李纳克尔学院(Linacre College)
林肯学院(Lincoln College)
莫德林学院(Magdalen College)
曼斯菲尔德学院(Mansfield College)
墨顿学院(Merton College)
新学院(New College)
纳菲尔德学院(Nuffield College)
奥里尔学院(Oriel College)
彭布洛克学院(Pembroke College)
王后学院(The Queen's College)
拉斯金学院(The Ruskin College)
圣安学院(St Anne's College)
圣安东尼学院(St Antony's College)
圣十字学院(St Cross College)
圣凯瑟琳学院(St Catherine's College)
圣艾德蒙学堂(St Edmund Hall)
圣希尔达学院(St Hilda's College)
圣休学院(St Hugh's College)
圣约翰学院(St John's College)
圣彼得学院(St Peter's College)
萨默维尔学院(Somerville College)
三一学院(Trinity College)
大学学院(University College)
瓦德汉学院(Wadham College)
沃弗森学院(Wolfson College)
伍斯特学院(Worcester College)
本科
考古学和人类学、生物化学、生物科学、生物医学、化学、古典考古学和古代史、古希腊/罗马文学、古典文学和英语、古典文学与现代语言、古典文学与东方研究、计算机科学、计算机科学与哲学、地球科学、经济学与管理、工程科学、工程、经济与管理、英语语言和文学、英语与现代语言学、欧洲与中东语言学、实验心理学、艺术、地理、历史、历史与经济、历史与英语、历史与现代语言、历史与政治、艺术历史、人文科学、法律、材料科学、材料经济与管理、数学、数学与计算机科学、数学与哲学、数学与统计、医学、现代语言、现代语言与语言学、音乐、东方研究、哲学与现代语言、哲学政治与经济、哲学与宗教、物理学、物理学与哲学、心理学与哲学、心理学、哲学与语言学、神学、神学与东方研究
音乐学 法语 德语 西班牙语 古典学 美术 捷克文 俄语 意大利与 葡萄牙语 艺术史 法语和语言学 西班牙语和语言学 现代希腊语 德语和语言学 意大利语个语言学 历史学与英语 英文和法文 英语和法文 英语鹅法文 英语和德语 英语和俄语 英语和俄语 俄语和语言学 凯尔特语 东方文化研究 哲学与法语 哲学与德语
哲学与意大利语 哲学与俄罗斯 哲学和西班牙语 历史和意大利语 历史和西班牙语 英语和西班牙语 英语和意大利语 英语和葡萄牙语 历史与葡萄牙语 历史和俄语 经典英文 古典与东方学研究 历史与现代语言 神邪恶与东方研究 法语与历史 历史与德语 英语与凯尔特语 英语与捷克语 英语与现代希腊语 古典文学与凯尔特语 古典文学与捷克语 历史与凯尔特语 古典文学与德语 古典文学与近代希腊语 古典文学与意大利语 古典文学与葡萄牙语 古典文学与俄语 古典文学与西班牙语 历史与捷克语 历史与现代希腊语 凯尔特语与语言学 捷克语语言学 现代希腊语与语言学 哲学与凯尔特语 哲学与捷克语 哲学与近代希腊语 欧洲与阿拉伯语 欧洲与希伯来语 欧洲与波斯 欧洲与土耳其
研究生
麻醉学、人类学、考古科学、建筑史、区域研究、设计史、国际人权法律、国际野生动物保护、法律、生命科学、语言语音学、文学与艺术、管理研究、材料学、数学、计算机学、数学与财务、肿瘤医学、医疗科学、现代语言、骨骼科学、生物化学、心血管医学、犯罪学、医疗保健、法律学习、化学、古希腊/罗马文学、音乐、纳米科技、神经系统科学、妇科医学、儿科学、眼科学、东方研究、网络科技、病理学、药理学、哲学、物理学、计算机科学、经济学、教育学、创意写作、发展研究、地球科学、工程科学、英语语言学、心理学、艺术、软件工程、统计学、城市发展、政治与国际关系学 公共卫生
学术成就
牛津的研究力量雄厚，在其教师队伍中，就有83位皇家学会会员，125位英国科学院院士。在数学、计算机科学、物理、生物学、医学等领域，它都名列英国乃至世界前茅。
近些年来，牛津不仅在文科而且在理科取得了举世瞩目的成就。不仅在基础科学而且在应用科学研究中都取得了举世瞩目的成就。
生物医学
自从弗莱明在伦敦发现青霉素后，本世纪40年代牛津的科学家弗罗里和蔡恩就将它投入临床应用，结果3人共享诺贝尔奖。今天用得最广的抗生素1955年为牛津的爱德华·阿布拉罕发现。牛津也致力于将分子生物学应用于临床，将核磁共振原理应用于医疗诊断，在发现人体的免疫瓜系统和应用基因工程技术于临床问题方面，牛津亦起领导作用。
该校在爱滋病毒、移植手术和遗传病研究等方面也很有潜力。1987年，斯奎波父子公司赠予该校药学系2,000万英镑，以支持他们的研究工作。
环境科学
牛津的研究涉及森林史、气候变化、遥感、土地利用、野生动物保护、家畜管理、污染、腐蚀、沙漠侵犯等众多课题。牛津的固体物理、高磁学、激光研究、基本粒子研究和大气物理学等均在世界上占领先地位。物理系的克拉伦登实验室在世界核研究领域中起着特殊的作用。基础研究还导向重要的工业开发，包括建立了如牛津仪器公司和牛津激光公司之类的企业。
仅在化学系，牛津拥有4位诺贝尔奖得主。该校在蛋白质、新型无机材料合成、分子的计算机辅助设计等方面都有重大成果问世，并在化工、医药、微电子工业等领域推广应用。
