大学与学院虽相辅相成，却是不同的实体，在经济上也是独立的。大学是公有制，由国家拨款，而学院则为私有，自谋生路，自负盈亏。大学负责研究生的，而学院则负责本科生的招生，数量则由大学统一规划。所有学生的教学是由大学负责的，而学院负责学生的生活和本科生的业余辅导。每年年底，大学按照各学院本科生的成绩，按一定规则打分，把学院排队，促使学院之间相互竞争。
剑桥大学的校长是由学校参议院选举产生的，一般都由社会上受人尊敬、有名望的人担任。校长一职是象征性的，校长很少介入大学事务，一般只负责颁发荣誉学位和出席学校的各种庆典等，虽然他也可以给副校长和大学管理人员提供建议。真正负责大学日常事务的是副校长，由大学会议(Kouncil)提名，剑桥摄政院(Segent House)投票任命。副校长下面还有多位助理副校长，负责专门的领域，协助副校长主持日常工作。
摄政院是大学最高立法与权力机关，由各学院的教职人员组成，有大约3,000名成员。他们可以制订或修改学校规章、章程，投票任命副校长、大学会议成员、颁发学位和荣誉学位。
决策的制定分两种：第一种是较简单、意见同意的动议(如任命校长和大学人员)，一般都由大学会议提出，发表在剑桥校刊上发表公告，如果在10天内没有一定数目的摄政院成员反对，就算通过。而如果是由大学会议以外人士提出的比较复杂、重大的动议，则也是由提案人先将动议发表在校刊上，然后举行公开辩论，最后在提案人考虑过所有意见后，建议摄政院修改提案，然后再发表在校刊上，如10天内无一定数目的摄政院成员反对就算通过。但如果有一定数量的成员认为有必要，则摄政院需举行投票。投票是通过邮寄方式完成的。当摄政院召开会议时由校长主持，如果校长不在则由副校长主持，如副校长也缺席则由其指定的某一学院院长主持。一般都不必开会就可解决，但每年6月份必须召开4次会议，核准学位的颁发。
此外，如果剑桥大学需要颁发荣誉学位之前摄政院也需开会表决。剑桥大学参议院曾经是最高立法机关，唯一的职责是选举校长。参议院成员包括所有获得剑桥大学硕士以上学位的学生或教授。
大学会议全称参议院会议，负责日常行政工作，成员共21人，包括校长(但一般不出席)、副校长和19名由选举产生的成员。19人包括4名学院院长代表、4名教授代表、8名来自摄政院的其他成员和3名学生代表(其中至少有1名是研究生)。前三类成员由摄政院选举产生，学生代表则由学生选举产生。
行政机构
校长
大学的现任名誉校长是森斯伯瑞男爵 The Lord Sainsbury of Turville(2011年接替退休的女王丈夫爱丁堡公爵)
副校长
副校长是乐思哲教授。名誉校长办公室只是形式上设置的，而副校长则是大学实质的学术和行政首脑。大学内部的管理是由大学的各个部门独立进行，而仅有少数的对外事务由大学中央机构委派代表处理。
参议院
大学参议院成员必须拥有研究生或更高的学位，负责选举产生大学校长和英国下议院剑桥大学选区的成员，直至1950年这一规定被废除。在1926年以前，参议院是大学的行政部门，履行摄政院的职责。
摄政院
大学摄政院是大学的行政部门，成员包括大学校长、高级管家、副高级管家、大学代表和来自大学和学院的高级成员。
议会
大学议会是大学政策制定和执行机构，定期要向摄政院汇报，并监督制衡摄政院的权利职能。大学议会有权向摄政院报告大学普遍关注的问题，并通过大学官方杂志将问题公布。自从2005年1月，大学议会两位校外成员，2008年3月摄政院投票将议会校外成员增加至四位，并于 2008年7月得到女王批准。
理事会
大学理事会负责大学的学术和教学工作，由议会负责管理。理事会同时管理大学不同科系的理事会，通过这样的方式大学的不同部门都由中央行政机构管理和监督。
科系
剑桥大学现有超过150所科系和研究机构，科系的成员通常也是一所或多所学院的成员，通常负责大学的学术和研究工作。
大学的科系和研究机构被组合为六所主要的科系，每个主要科系由许多科系和研究机构组成，并拥有一个议会负责监督不同机构的教学和研究工作。剑桥大学六所主要的科系是：艺术和人文、生物科学(包括兽医医药)、临床医学、人文和社会科学、自然科学、技术。除此之外，剑桥大学的一些机构也负责大学的教学和研究，这包括剑桥大学考试委员会、剑桥大学出版社和大学图书馆。
学院
基督学院(Christ's College，1505年建立)
丘吉尔学院(Churchill College，1960年建立)
卡莱尔学院(Clare College，1326年建立)
卡莱尔大厅学堂(Clare Hall，1965年建立)
圣体学院(Corpus Christi College，1352年建立)
达尔文学院(Darwin College，1964年建立)
唐宁学院(Downing College，1800年建立)
伊曼纽尔学院(Emmanuel College，1584年建立)
菲茨威廉学院(Fitzwilliam College，1966年建立)
格顿学院(Girton College，1869年建立)
冈维尔与凯斯学院(Gonville and Caius College,1348年)
哈默顿学院(Homerton College，1976年建立)
休斯大厅学堂(Hughes Hall，1885年建立)
耶稣学院(Jesus College，1497年建立)
国王学院(King's College，1441年建立)
露西·卡文迪什学院(Lucy Cavendish College，1965年)
麦格达伦学院(Magdalene College，1428年建立)
新大厅学堂(New Hall，1954年建立)
纽纳姆学院(Newnham College，1871年建立)
彭布罗克学院(Pembroke College，1347年建立)
彼得学院(Peterhouse，1284年建立)
女王学院(Queens' College，1448年建立)
罗宾森学院(Robinson College，1979年建立)
圣凯瑟琳学院(St Catharine's College,1473年建立)
圣埃德蒙学院(St Edmund's College，1896年建立)
圣约翰学院(St John's College，1511年建立)
塞尔文学院(Selwyn College，1882年建立)
西德尼·苏塞克斯学院(Sidney Sussex College，1596年建立)
三一学院(Trinity College，1546年建立)
三一大厅学堂(Trinity Hall，1350年建立)
沃尔森学院(Wolfson College，1965年建立)
3、专业课程
课程设置
一般来说，英国的学制要比美国的短。剑桥大学的本科生一般是三到四年。上完三年，就可得到学士学位;上完四年，下来就是文学硕士(MA);如果三年拿到学士学位后就参加工作，一年以后也可以在工作岗位上再交论文，直接申请MA学位。哲学硕士(MPhil, Master of Philosophy,旧称副博士)是剑桥和牛津的一个稍具特色的学位，在剑桥多为一年的课程加论文。
剑桥的哲学硕士如果课程的考试成绩和论文成绩(一般是五到六个考核)平均超过67或70分(因专业不同)，可申请攻读博士，再读三年可获得博士学位。
MPhil和普通硕士的区别有三个：
其一，副博士的一年或两年时间是可以计算到博士的时间，而从硕士直读博士，是至少需要三年时间;
其二，如果你的最终成绩符合读博要求，学校可以为你提供开放的时间，在有效时间内(如两年)，你随时可去上学，再继续你的博士学业;
其三，剑桥规定，如果你拿到副博士学位后，工作满一定年限，你也可直接提交申请博士学位的论文，学校根据你的论文质量和工作业绩，可授你博士学位，而普通硕士则无此殊荣。但由此途径得到博士学位是不太容易的。
专业设置
建筑和艺术史系;古希腊和罗马语言文学系;神学系;英语系;
现代和中古语言学系;音乐系;东方系;经济系;教育系;历史系;
法律系;哲学系;社会和政治科学系;地球科学地理系;工程系;
数学系;物理化学系;考古和人类学系;医药医学系;
计算机科学技术;土地经济系;管理系;生物系
