985、211的学生：大学审查部门国家留学基金委、驻华使馆的审查国家留学基金委、驻华使馆的面试。
非211大学及社会人：各省市教育厅的审查国家留学基金委、驻华使馆的审查国家留学基金委、驻华使馆的面试。
985大学和211大学基本都和国家留学基金委签订了合作协议，因此每年都有去各个国家的奖学金名额分配到各大学。大学设有专门的审查部门。第一轮刷选淘汰一部分，通过后送到国家留学基金委、驻华使馆进行第二轮审查。
非211大学和社会人要交到当地省教育厅审查，第一轮刷选淘汰一部分。通过后送到国家留学基金委、驻华使馆进行第二轮审查。
如果第一轮没有接到通过的信息则是被刷下来了。第二轮审查时候，由日本驻华大使馆教育参赞和留学基金委共同审查985和211大学的候选人材料和由教育厅选送的候选人材料，在所有候选人中刷选出190名进行最后的面试。淘汰其他的。如果第二轮没接到面试通知说明淘汰了。
面试由中日双方组成，主要是日方使馆为主，一般是5-6人的面试官。围绕研究计划书和留学日本为主线进行面试，平均一个人要30-40分钟。之后最终确定110名。淘汰80名。
