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| 名次 | 学校名称 | 地区 | 总分 | 2016年办学类型、层次 | 办学等级 |
| 1 | 北京大学 | 北京 | 100.00 | 中国研究型 | 世界知名高水平大学 |
| 2 | 清华大学 | 北京 | 98.50 | 中国研究型 | 世界知名高水平大学 |
| 3 | 复旦大学 | 上海 | 82.79 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 4 | 武汉大学 | 湖北 | 82.43 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 5 | 浙江大学 | 浙江 | 82.38 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 6 | 中国人民大学 | 北京 | 81.98 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 7 | 上海交通大学 | 上海 | 81.76 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 8 | 南京大学 | 江苏 | 80.43 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 9 | 国防科学技术大学 | 湖南 | 80.31 | 中国研究型 | 世界知名高水平大学 |
| 10 | 中山大学 | 广东 | 76.46 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 11 | 吉林大学 | 吉林 | 76.01 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 12 | 中国科学技术大学 | 安徽 | 75.14 | 中国研究型 | 中国顶尖大学 |
| 13 | 华中科技大学 | 湖北 | 75.12 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 14 | 四川大学 | 四川 | 74.99 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 15 | 北京师范大学 | 北京 | 74.75 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 16 | 南开大学 | 天津 | 74.46 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 17 | 西安交通大学 | 陕西 | 73.56 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 18 | 中南大学 | 湖南 | 73.13 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 19 | 同济大学 | 上海 | 72.85 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 20 | 天津大学 | 天津 | 72.81 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 21 | 山东大学 | 山东 | 72.72 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 21 | 哈尔滨工业大学 | 黑龙江 | 72.72 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 23 | 厦门大学 | 福建 | 72.23 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 24 | 东南大学 | 江苏 | 71.35 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 25 | 北京航空航天大学 | 北京 | 70.58 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 26 | 东北大学 | 辽宁 | 69.55 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 27 | 重庆大学 | 重庆 | 69.54 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 28 | 华东师范大学 | 上海 | 69.52 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 29 | 大连理工大学 | 辽宁 | 68.84 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 30 | 北京理工大学 | 北京 | 68.72 | 中国研究型 | 中国一流大学 |
| 31 | 华南理工大学 | 广东 | 68.47 | 中国研究型 | 中国高水平大学 |
| 32 | 中国农业大学 | 北京 | 68.05 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 33 | 湖南大学 | 湖南 | 68.03 | 中国研究型 | 中国高水平大学 |
| 34 | 华中师范大学 | 湖北 | 67.92 | 中国研究型 | 中国高水平大学 |
| 35 | 西北工业大学 | 陕西 | 67.77 | 中国研究型 | 中国高水平大学 |
| 36 | 兰州大学 | 甘肃 | 67.21 | 中国研究型 | 中国高水平大学 |
| 37 | 电子科技大学 | 四川 | 66.88 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 38 | 武汉理工大学 | 湖北 | 66.60 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 39 | 中国地质大学 | 湖北 | 66.56 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 40 | 东北师范大学 | 吉林 | 66.50 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 41 | 北京科技大学 | 北京 | 66.42 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 42 | 长安大学 | 陕西 | 66.08 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 42 | 北京交通大学 | 北京 | 66.08 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 42 | 中国矿业大学 | 江苏 | 66.08 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 45 | 北京协和医学院 | 北京 | 66.03 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 46 | 南京农业大学 | 江苏 | 65.90 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 47 | 西北大学 | 陕西 | 65.88 | 区域研究型 | 中国高水平大学 |
| 48 | 华东理工大学 | 上海 | 65.79 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 49 | 华中农业大学 | 湖北 | 65.77 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 50 | 南京师范大学 | 江苏 | 65.71 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 51 | 西南交通大学 | 四川 | 65.67 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 52 | 西南大学 | 重庆 | 65.64 | 区域研究型 | 中国高水平大学 |
| 53 | 中国海洋大学 | 山东 | 65.56 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 54 | 河海大学 | 江苏 | 65.50 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 55 | 解放军信息工程大学 | 河南 | 65.49 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 56 | 南京理工大学 | 江苏 | 65.48 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 57 | 哈尔滨工程大学 | 黑龙江 | 65.41 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 58 | 暨南大学 | 广东 | 65.17 | 区域研究型 | 中国高水平大学 |
| 59 | 云南大学 | 云南 | 65.11 | 区域研究型 | 中国高水平大学 |
| 60 | 中国石油大学 | 山东 | 65.10 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 61 | 南京航空航天大学 | 江苏 | 65.05 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 62 | 郑州大学 | 河南 | 65.01 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 63 | 苏州大学 | 江苏 | 64.99 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 64 | 上海财经大学 | 上海 | 64.96 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 65 | 西北农林科技大学 | 陕西 | 64.92 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 66 | 中国政法大学 | 北京 | 64.90 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 67 | 合肥工业大学 | 安徽 | 64.88 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 68 | 北京邮电大学 | 北京 | 64.86 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 69 | 西安电子科技大学 | 陕西 | 64.82 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 70 | 第三军医大学 | 重庆 | 64.81 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 71 | 第二军医大学 | 上海 | 64.74 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 72 | 湖南师范大学 | 湖南 | 64.65 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 73 | 第四军医大学 | 陕西 | 64.51 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 74 | 华南师范大学 | 广东 | 64.42 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 75 | 上海大学 | 上海 | 64.41 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 76 | 中南财经政法大学 | 湖北 | 64.32 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 77 | 西南财经大学 | 四川 | 64.27 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 78 | 北京化工大学 | 北京 | 64.26 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 79 | 东华大学 | 上海 | 64.24 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 80 | 南昌大学 | 江西 | 64.18 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 81 | 解放军理工大学 | 江苏 | 64.09 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 82 | 中央财经大学 | 北京 | 63.99 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 83 | 广西大学 | 广西 | 63.89 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 83 | 北京工业大学 | 北京 | 63.89 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 83 | 福州大学 | 福建 | 63.89 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 86 | 陕西师范大学 | 陕西 | 63.88 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 87 | 深圳大学 | 广东 | 63.86 | 区域研究型 | 中国高水平大学 |
| 88 | 北京林业大学 | 北京 | 63.79 | 行业特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 89 | 中央民族大学 | 北京 | 63.78 | 行业特色研究型 | 中国一流大学 |
| 90 | 燕山大学 | 河北 | 63.77 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 90 | 对外经济贸易大学 | 北京 | 63.77 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 92 | 首都师范大学 | 北京 | 63.73 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 93 | 华北电力大学 | 北京 | 63.66 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 93 | 浙江工业大学 | 浙江 | 63.66 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 95 | 华南农业大学 | 广东 | 63.64 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 96 | 浙江师范大学 | 浙江 | 63.37 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 97 | 安徽大学 | 安徽 | 63.34 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
| 98 | 首都医科大学 | 北京 | 63.32 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 99 | 江南大学 | 江苏 | 63.31 | 区域特色研究型 | 中国知名大学 |
| 100 | 山西大学 | 山西 | 63.29 | 区域研究型 | 中国知名大学 |
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