日本南山大学研究生专业设置有:
人类文化研究科
基督教思想专业
宗教思想专业
人类学专业
教育促进专业
语言科学专业
国际区域文化研究科
国际区域文化专业
经济学研究科
经济学专业
商务研究科
经营学专业
商务专业(职业化)
法务研究科
法务专业(职业化)
综合政策研究科
综合政策专业
数理信息研究科
数理信息专业
信息科学与工程学研究科
系统与数学科学专业
软件工程专业
机械电子专业
日本南山大学研究生专业设置有:
人类文化研究科
基督教思想专业
宗教思想专业
人类学专业
教育促进专业
语言科学专业
国际区域文化研究科
国际区域文化专业
经济学研究科
经济学专业
商务研究科
经营学专业
商务专业(职业化)
法务研究科
法务专业(职业化)
综合政策研究科
综合政策专业
数理信息研究科
数理信息专业
信息科学与工程学研究科
系统与数学科学专业
软件工程专业
机械电子专业