科系和学院
奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名。此外，本校也是南岛唯一有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，只要在大学入学考试中考过三个科目便能就读，因此每年吸引近千名学生来此地就读，大家共修第一年科目，然后依成绩决定往后的专业科系。医学院每年录取一百八十位学生，牙医六十位，药学约一百八十位。若未进任何理想科目的学生，可转修其他科系，可用二年级成绩重新申请牙医或者是读完一个学位后，重新申请学士后医学院。
其他非医学科系，如生理，解剖等也是世界有名的，新兴科系如生化，基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等也都有开课，另外还有商学和法学等科目。尤其是商学院，和奥克兰大学的商学院一样，闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生，来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。
奥塔哥大学语言中心
奥塔哥大学语言中心希望攻读大学课程或者大学预科课程的学生提供强化英语和学习技巧的预科课程。语言中心是托福和雅思考试注册中心，课程为考试提供专门准备课程。
奥塔哥大学预科
奥塔哥大学为学生提供了一年的大学预科课程，为准备攻读学位的学生打好学术基础。这个课程与位于澳大利亚悉尼的新南威尔士大学联合提供。完成预科课程，达到所要求的标准后，保证学生能够进入相应的一年级课程学习。
主要课程
奥塔哥大学预科从1997年起，由澳大利亚悉尼的新南威尔士大学提供。得到新西兰所有大学的认可，并获得澳大利亚，英国，加拿大和美国的大部分大学认可。课程分为：科学类，商业，艺术类和医学类。
商学院
经济、会计、金融、管理、资讯管理、旅游、市场行销。
文学法学院
各国语文、哲学、神学、戏剧、古典文学、历史、音乐、法律、设计、艺术、心理学、教育、教育研究。
理学院
资讯、物理、化学、数学、统计、生物、动物、植物、基因、生化、解剖、生理、地质、电脑、程式设计。
大学预科课程
文科、商务/商业、设计
应用科学健康科学、生命科学、体育教育
预科开学时间：2月、6月和10月（健康科学10月无开课）
通往预科的英语语言开学时间：1月、5月和9月
本科课程专业
文科与音乐：
人类学、艺术历史与理论、亚洲研究学、圣经研究、中文、基督教教义与历史、古典音乐、传播研究学、计算机科学、设计学、数学、音乐、太平洋研究学、表演艺术学、哲学与政治及经济、政治、社会学、西班牙语、统计学、戏剧研究学、视觉文化、社会工作。
商学院：
会计、经济、经济和统计学、金融、计算机与信息学、国际商务、管理、市场营销管理、旅游
消费者与应用科学：
衣服与纺织学、消费者食品学、设计学、人类营养学、人类服务
牙科：
牙齿手术、牙科技术、口腔健康
教育：
教育、早教、初级教育、舞蹈教育、戏剧教育、家庭与社会、健康教育、信息与传播技术、语言教学、文学、数学教育、音乐教育、体育、科学教育、技术教育、社会学教育、视觉艺术教育
健康科学：
生物科学、人类生物学功能、传染病与免疫、人类健康的营养和新城代谢、生殖遗传与发育、健康科学、医疗技术、健康管理、医疗实验室科学
法律：
法律
医学：
医学和外科学、医学
药剂学：
药剂学
体育：
训练和运动学、运动训练处方和管理、运动与休闲学
物理疗法：
物理疗法
科学：
应用地质学、水产业和渔业、工艺设计、能量管理、环境管理、食品改革、法医分析学、地理信息系统、分子生物工艺学、软件工程、运动和训练营养学、电信学、解剖学和结构物理学、生物化学、化学、衣服和纺织品学、计算机与信息学、生态学、电子学、食品学、遗传学、地理、地质学、人类营养、土地及空间信息研究、土地规划和发展、数学、微生物学、神经系统科学、药理学、物理、生理、植物生物工艺、心理学、统计学、测量学
研究生文凭证书专业
文科与音乐：社会福利、音乐
商科：行政管理、商业、旅游
消费者与应用科学：营养学
牙科：临床牙科技术、临床牙科、公共牙科、牙科技术、牙科治疗
教育：教学、教育、高等教育教学
健康科学：健康科学、医疗技术、健康管理、医疗实验室科学、体育及运动医学
医学：航空医学与运输、民用航空医学、肌肉骨骼医学、职业医学、初级卫生保健、公共健康、旅行医学、妇女健康、健康信息、工业健康、产科和妇科、眼科基础科学、外科解剖
药剂学：药剂学、临床药剂学
体育教育：户外教育、体育
物理疗法：物理疗法
科学：应用统计学、临床心理学、野生动植物管理
硕士课程专业
文科与音乐：音乐、规划、社会福利 商科：工商管理、商业、企业、旅游
消费者与应用科学：消费者与应用科学、设计、营养学 牙科：公共牙科、牙科治疗、牙科技术
健康科学：生物伦理学和健康法学、健康科学、医疗实验室科学
法律：法律 教育：教学、教育
医学：航空医学、眼科学、公共健康、旅行医学 药剂学：临床药剂学、药剂学
体育教育：舞蹈、体育 物理疗法：物理疗法
科学：应用科学、传播学
博士课程专业
文科与音乐：文学、音乐、音乐艺术、哲学 商科：哲学
消费者与应用科学：哲学 牙科：临床牙科、牙科学、哲学
教育：教育、哲学 健康科学：哲学
法律：法律、哲学 医学：医学、哲学
药剂学：哲学 体育教育：哲学
物理疗法：哲学 科学：哲学、科学
