水利工程：
是河海大学一所集教学、科研及工程于一体的学院，也是我国水利学科专业设置历史悠久、水利特色最为显著的学院。是国家一级重点学科，经过数十年的建设与发展，学院的水利水电专业已成为国内的名牌专业。在三峡、小浪底、南水北调等重大工程中，都有河海大学水利工程学的优秀学子的参与。
土木工程：
是河海大学的另一个传统优势专业，在国际国内都颇有影响。拥有一批国内外知名的专家学者，近几年来完成各类科学研究项目至少达750项，年均科研经费近3000万元。其中包括国家973计划、国家863计划、国家自然科学基金、国家“九五”科技攻关项目，以及三峡工程、黄河小浪底工程、二滩工程、南京地铁、苏通长江公路大桥、润扬长江公路大桥、江阴长江公路大桥、南京长江二桥、南水北调工程等重大科研项目，足可见其雄厚的学科实力。
港口航道与海岸工程：
是河海大学和江苏省的品牌专业，也是这个学校一直以来就业率很高的专业之一。本学科在方向上已形成了港航并重，河口、海岸工程为特色，将结构与动力，固体与流体结合的门类齐全的学科体系。学生毕业后主要从事港口、海岸及近海工程的规划;河口、海岸水动力学环境及综合治理;航道冲淤演变规律及其防治措施;港口航道工程结构及其基础;港口、海岸工程开发技术经济等工作，就业领域十分广泛。
水文与水资源工程：
是河海大学最早的学科之一，1952年，著名水文学家刘光文教授等创建了我国第一个水文专业。并于1955年招收研究生，是我国第一批培养研究生的学科点。拥有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室，以及由多名院士、教授、博导组成的雄厚的师资队伍，所以还被称为“培养河海水利精英的摇篮”。
移民工程：
是河海大学首创的，由于三峡大坝建设带来的移民安置等问题引发的新专业。近几年，随着我国水利开发项目的增多，这个专业也逐渐地火起来了。