藏语言文学：
学科最早可以追溯到1951年开办的藏文干部培训班，至今已有55年的历史。学院不仅本、专科学科建设历史较早，其研究生专业在西藏大学也是开设最早的。1998年，藏语言文学和藏族历史两个专业同时被国务院学位办公室批准为硕士学位授予点。2005年，这两个专业又被学校评为首批校级重点学科。至今，学院已培养硕士研究生、本科生、专科生、留学生等各层次人才1万余人。所培养的学生受到各用人单位的普遍好评。
药学（藏西药方向）：
学科是西藏大学医学学院结合自身特点和西藏自治区独特的地域和传统优势，将高原医学和藏药的现代化研究和开发、西藏地方病和常见病的流行病学研究和藏族基因组学研究等相结合，而重点建设的特色优势学科。目前与四川大学华西医学中心(原华西医科大学)、北京大学医学部、复旦大学等一大批国内著名院校建立了良好的合作及对口援助关系，在师资培训、联合办学等方面开展多层次、多渠道的交流合作。并有多个实习基地供学生们提高自己的实践能力。
数学与应用数学（师范类）：专业是西藏大学比较特色的专业，在教育部、财政部公布的2007年度第二批高等学校特色专业建设点名单中，该专业和农学(植物生产类)专业双双入选。
临床医学：
在2008年高等学校特色专业评审中，临床医学专业获批为第三批高等学校特色专业建设点。