在1575年，威廉王子管理著欧洲少数没有大学的地区之一。此时文艺复兴已开始凸显学术研究的重要性;为了奖励莱顿市民在1574年抵抗西班牙军队的英勇表现，威廉王子遂在此设立大学。讽刺的是威廉王子的敌人腓力二世也名列于建校许可上，这是由于他当时仍是法理上的荷兰伯爵。传说威廉王子当时给莱顿市民两个选择，一者是免税，一者是大学;市民认为免税令可被撤销，大学却能延续百年，是故选择了后者。
专家介绍，在创校后的一个半世纪间，Justus Lipsius、Joseph Justus Scaliger、Franciscus Gomarus、格老秀斯、Jacobus Arminius、Daniel Heinsius 与 Gerhard Johann Vossius 等学者一度将莱顿大学在欧洲的声望推至巅峰。莱顿大学的崇高地位一直持续到18世纪末。
时至19世纪末，莱顿大学再度名列欧洲的顶尖大学。在这里的世界第一间低温物理实验室里，海克·卡末林·昂尼斯达到了 4K 的人工低温;在1908年，昂尼斯首先将氦液化，他对金属超导现象的发现也有所贡献。由于这些贡献，昂尼斯在1913年获得诺贝尔物理奖。此外，获诺贝尔奖的莱顿教授还有发现塞曼效应的物理学家亨德里克·劳仑兹与彼得·塞曼，以及发明心电图的生理学家威廉·埃因托芬。爱因斯坦也曾在莱顿讲学，他论玻色子的统计分布(即后来的玻色-爱因斯坦凝聚)的手稿于2005年在莱顿大学图书馆里被发现。
莱顿大学内设有荷兰最早的植物园。
目前莱顿大学仍执许多研究领域之牛耳，包括自然科学、医学、社会与行为科学、法学、艺术及文学等等，并与四十余个国立研究机构合作。荷兰的最高学术荣誉──斯宾诺莎奖的28位得主中，有7位在莱顿执教。大礼堂里悬挂著创校以来的著名教授画像。
