由于地处赤道附近，处在赤道低气压带控制下，马六甲海峡全年高温多雨，是热带雨林气候。海峡附近地区年平均气温25℃以上，年降水量3000毫米左右，沿岸热带雨林遍布。由于地处赤道附近地区，马六甲海峡水温较高，约34~35℃，海峡区域降水多，且有多条大河注入海洋，所以，盐度较低，平均盐度大约3.2%。
马六甲海峡的海流终年从东南向西北流动，但流速较慢，平均流速2海里/时。马六甲海峡海流的流向是建立在赤道附近洋流自东向西流的大环境下，是赤道暖流的一个有机组成部分。但由于海陆分布、亚洲季风和潮汐等因素的影响，使这个本身比较单一的洋流变得复杂起来。
马六甲海峡地处赤道低气压带，风力微弱。在6月~8月盛行东南季风的日子里，北印度洋盛行西南季风，洋流顺时针方向流动，从阿拉伯海到孟加拉湾，甚至部分进入到马六甲海峡西北部，这时是马六甲海峡海流最弱的时候，大约1~2海里/时，在12月~次年2月的时候，西北季风使北印度洋洋流逆时针方向流动，马六甲海峡海流补偿北印度洋海水增强，这时正是马六甲海峡海流最强的时候，流速2~3海里/时。于是，就出现了一个很奇怪的现象，马六甲海峡海流在吹东南季风时，即顺风时，海流更慢，逆风时，反而更快。但是，总体上，海流速度差别不大。多数时候仍显得风平浪静。马六甲海峡的海流在潮汐影响下，流速也有变化，涨潮时约1.5海里/时，落潮时3海里/时。
自古以来，马六甲海峡的繁荣离不开古城马六甲，乘季风航行于东西方的贸易船都从此经过，马六甲是一个天然的中转站，是东西方文明的交汇之处，也是海上“丝绸之路”的要塞。 在秦汉及其以前，我国的古代船队就能利用马六甲海峡的海流经过马六甲海峡。据史料记载，汉朝的船队经过650海里的马六甲海峡约需1个月，平均每天22海里，平均时速1海里。到了宋代，已普遍利用风帆为动力，经过马六甲海峡，在6~8月的夏季，顺风顺水经过马六甲海峡，航速已经提高到70海里。明代郑和下西洋所用的12张帆宝船，日均航速达到100海里，最大航速甚至可达130海里以上。
古代船队由于比较依赖于马六甲海峡这一地区的季风，所以在东南季风盛行的6~8月，船队自东南向西北用风帆顺风经过，在西北季风盛行的12月~次年2月，船队则自西北向东南航行。以郑和船队从我国东南沿海到印度半岛航行为例，从广东沿海——旧港(今苏门答腊岛东南部巨港)选择在冬季出海，到达旧港一带停留下来，在附近与当地人进行贸易往来，并作休整，等待夏季的东南季风。在6~8月盛行东南风时又起程顺风经过马六甲海峡，然后在南巫里(今苏门答腊班达亚齐即南浡里)停留下来，继续沿途的贸易，秋后，当北印度洋东北季风起时，再继续西行到锡兰(今斯里兰卡)，全程大约一年半。返程时，利用同样的道理，花一年半返回。郑和的七次下西洋，多次航行都是9月出发，第三年的6月返回，历时接近三年。 郑和七下西洋都穿过了马六甲海峡，五次在马六甲停留。随着科技的进步，船过马六甲海峡的航速越来越快，尤其是现代航运的飞速发展，过往船只已经越来越少地在马六甲停留，马六甲逐渐变成了一个有名的古城。如今的马六甲是一个古迹遍布、旅游业发达的古城。
作为世界最重要的洲际海峡，无论从军事上或经济上，马六甲海峡的重要性都是不言而喻的。但是，自古以来，马六甲海峡一直是个在安全上令人头痛的地方。
19世纪时，马六甲海峡就是一个海盗猖獗的地区。进入21世纪海盗也并未消失，且日益猖獗。由于这里通过马六甲海峡货船增多，处在马六甲海峡交界处的马来西亚、印度尼西亚、新加坡三国海军的实力有限，合作上存在一些分歧，导致打击海盗成效一直不明显。在马六甲海峡发生的海盗事件从1994年25宗增加到2000年的220宗，进入21世纪以来，也基本上保持在200宗左右，占世界海盗事件的三分之一。为此，马来西亚、印度尼西亚、新加坡三国海军已开始增加巡逻次数，加强协调和沟通，开始全年全天候巡逻马六甲海峡。
马六甲海峡不仅仅只关系到马六甲海峡沿岸国家的利益，它是一条重要的国际通道，涉及多国、多地区的利益。从海峡附近地区看，就连接着世界上人口甚多的中国、印度、印度尼西亚，且是日本的“海上生命线”，同时也关系到许多国家的全球战略。 目前，众多的国家为了安全方面的考虑，以马六甲海峡沿岸国家力量不足为由，欲介入马六甲海峡事务。在此问题上，新加坡一直呼吁更多的国家共同来维护海峡的安全，承担一些安全义务。但是，马来西亚、印度尼西亚则坚决反对大国介入，认为这将是对其主权的侵犯，也担心引狼入室。
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