从明英宗正统初年到明神宗万历前十年约一个半世纪的时间里，明朝的统治开始走向衰落：政治腐败，边防松弛，土地兼并日趋激化，封建剥削极其苛重，农民起义不断发生，封建社会的危机日益加深。
土地的兼并与集中
明朝中期，土地兼并十分激烈，突出的表现是皇帝、王公、勋戚、宦官利用政治特权，以投献、请乞、夺买等手段，大量占夺土地。
皇庄是皇帝的私产，收租供皇室享用，明孝宗弘治二年(1489)，在北京附近的皇庄只有五座，占地一万二千八百余顷，到武宗正德元年(1506)，一月之间增加七座，不久又增加二十四座，占地共三万七千五百九十五顷。管理皇庄的宦官打着皇家的招牌，恣意盘剥榨取，使佃户受到沉重剥削，庄外的农民也同受其害。 明朝的亲王未封前在北京附近设置王庄，被封后又在封地广占庄田。宪宗成化时，赐德王寿张地达四千余顷。孝宗弘治时，赐周王南睢州地五千余顷，又先后赐给徽、兴、岐、衡四王田至七千余顷。而诸王占田数额远过于此。
勋戚和宦官占田之风也很猖獗。弘治二年，顺天府有宦官勋戚庄田三百三十二座，占地三万三千余顷，到正德十六年蔓延至北直隶，共达二十万九百余顷。其中宦官汪直占田竟达两万一千余顷，弘治时，皇亲张延龄一次请乞就有一万六千七百零五顷。正德时，庆阳伯夏臣一次受投献地也有一万三千八百余顷。大地主官绅的豪横和对土地的兼并，以南方的江浙、江西、福建最为突出，湖广、广东、河南亦如之。在江浙，豪绅地主的土地“阡陌连亘”，或“一家而兼十家之产”，农民佃富人田，每亩所得不过二三石，而地租却至一石二三斗。在江西，占田者与日俱增。南安、赣州二府富豪大户，不守本分，吞并小民田地，四散置为庄所。雇工和佃户少拂其意，即横加棰楚，或逼卖子女。嘉靖时，严嵩父子在家乡占田，囊括袁州一府四县土地数额的十分之七，还广置良田美宅于南京、扬州。徐阶父子在松江占田二十四万亩，奴役佃户不下万人。
官僚地主不但抢掠农民的土地，军卫屯田也成为他们侵占的对象。军屯土地日益失额，多为军官和豪强所占夺。正统时，凤阳等处的军官占田有多至千余亩者，陕西等处的军官占田有多至三四十顷者。成化、弘治间，顺天、保定二府的屯田被侵占达四万余顷，大同、宣化二府的屯田被侵占数十万顷。有些军官不仅广置庄田、私役屯军，还专擅水利，侵夺民利。在屯田大量被兼并的情况下，军屯制度逐渐破坏。
明朝初年，政府控制的征收田赋的土地总额为八百五十余万顷，英宗天顺七年(1463)，只余四百二十九万余顷，弘治十五年(1502)实额仅四百二十二万余顷，余皆落入具有免赋免役特权和隐匿土地的官绅地主手中。
宦官专权
明朝中期，统治者分裂为皇族和官绅两大集团，有权势的宦官是前者的政治代表，内阁大学士是后者的政治代表，于是出现宦官和权臣交替执政的局面。明中期前段，即从英宗到武宗时期表现为宦官专政;后段即世宗、穆宗到神宗初年表现为权臣专政。不过权臣最终也要听命于宦官。且权臣之间的相互倾轧，也要倚仗宦官调停解决，因而有人把这一时期的政治完全概括为宦官政治。宦官专政是明中期甚至到明后期的政治特点。
宦官是皇帝私产的管理人，其中也有人占有大量的土地，掌握了强大的经济势力。他们在京城内外广置田园、庄所、马坊、塌房，奴役着大批佃户、家丁、义勇，以各种名义侵夺人民田产。英宗正统时的王振，天顺时的曹吉祥，宪宗成化时的汪直，武宗正德时的刘瑾、谷大用等人，实际上都是拥有政治特权和经济势力的大地主。
明成祖朱棣为了强化君主专制政治，曾给予宦官一定的权柄，在宫内设置宦官二十四衙门，其中以司礼监的职权为最大。司礼监的掌印、秉笔太监可代皇帝传布政令，“批红”奏章，但受皇权及内阁的制约，宦官权势毕竟有限。明朝中叶，先后出现土木之变、夺门之变等事件，政局动荡，而英宗、景帝、宪宗、孝宗、武宗等人或年幼登位，生长深宫;或昏庸荒乱，无所作为，于是宦官乘机窃权，挟制内阁，掌握厂卫，导致统治阶级内部皇权与绅权的矛盾日益加剧。
田赋徭役的加重和农民的反抗 明朝中期，原来北方开垦出的“永不起科”的土地，景泰时已全部征收赋税。江南的重赋也继续下来。有正米一石加耗过二石或一石九斗者。英宗正统元年，明朝政府把江南一部分赋税折征银两，规定米麦一石折银二钱五，四石折银一两，送往内库，供皇帝挥霍，此即金花银，赋税征银成为定例。
在江南某些地区，官粮不减于私租，租种官田的农民生活极苦。有“一亩官田七斗收，先将六斗送皇州，止留一斗完婚嫁，愁得人来好白头”和“为田追租未足怪，尽将官田作民卖，富家得田民纳租，年年旧租结新债”的歌谣，农民产去税存和田居富室、粮坐下户的情况多所发生，处境悲惨。封建国家征收赋役的黄册之制日益败坏，几成虚文，地主豪强串通官吏和里书，共同作弊，采取“诡寄”、“飞洒”和“寄居”的手法，任意涂改册籍，逃避税粮，转嫁赋役。
徭役的名目也日益繁多，分里甲正役、均徭和杂泛差役。里甲正役办纳粮草、上供物料，有额办、坐办、杂办诸名色。均徭供衙门差遣(上自朝廷、下至司府州县)，有银差、有力差，力差是由农民亲身应役，银差则以银代役。杂泛差役以应“上命非时”诸差役。明中期大规模的徭役征发十分严重。弘治时，仅修建、河工两项通计役夫不下百万，诸王之国役夫供应亦四十万，以至“赋重役繁未有甚于此时者”。由于官吏士绅的徭役可以优免，豪强地主可以买通官府，放富差贫，所以杂泛差役只能由贫苦农民负担。徭役的沉重，是农民逃亡和起义的原因之一。明太祖洪武二十六年，天下人口为六千零五十四万余，至明孝宗弘治元年(1488)，只剩五千零二十万，大量农民被迫投靠富豪势要或辗转流亡。正统、景泰时，从山东、山西等地流亡到河南南阳，湖广襄、樊等地的流民有二十余万户。天顺、成化时，陕西、山西、河南人民流徙荆襄等处，日数万计，以致阖县无人，有者十去七八。为防止农民流徙，明政府制定了逃民周知册，通过里甲、关津、禁山、搜山等措施控制流民，有时甚至进行残酷的镇压。
明朝中期，在全国各地先后爆发了多次农民起义，其中规模较大的三次是正统时赣浙闽山区叶宗留、邓茂七起义，天顺、成化时荆襄郧阳山区刘通、李原领导的农民起义和正德时从河北平原发动的刘六、刘七起义。此外，还有与河北起义相配合的江西农民起义和四川农民起义等。
张居正的改革
明中期的一系列农民起义，使明政府在世宗嘉靖初年不得不先后施行了一些减轻赋税、抑制宦官、裁撤锦衣卫官校、停止传奉官等等措施，并勘查皇庄和勋贵庄田，把部分土地退还给农民。嘉靖时，宦官的势力受到排斥，形成权臣专政的局面。在权臣之间，又出现长期的门户之争。内阁大学士开始有首辅、次辅和群辅的区别。首辅位极人臣，一切朝政都归其调度。为争夺首辅的权位，大学士联册结党，攀引门生，互相倾轧排挤，采用各种权术打败竞争者。张璁(孚敬)、夏言、严嵩、徐阶等都是通过这些手段出任首辅的。嘉靖中叶，严嵩专权，外患频仍。与此同时，地主官绅的兼并土地之风有加无已。除张孚敬、严嵩、徐阶等在乡间广占田亩外，隆庆和万历初年，还出现了“豪家田至七万顷，粮至二万，又不以时纳”的情况，豪绅地主有权免赋免役，贫苦农民的生活更加痛苦。官僚多徇情受贿，贪污成风。贪污的盛行和庞大的军费支出更造成财政的困难，政府每年所入二百万之额，不能充所出之半。嘉靖三十年(1551)明朝政府于南畿、浙江等州县增赋一百二十万两，称“加派”。三十六年又在江南等地增役银四十万两，称“提编”。以后又出现箕敛、派括、算税契、折民壮等加派名目，造成赋役沉重和负担的不平均，逃丁的现象十分严重。从维持明王朝的长远统治出发，统治阶级内部的某些官吏，开始仿效明初周忱等人的做法，行均赋均役之政，以防止农民流徙。十六年，欧阳铎为应天巡抚，与苏州知府王仪施行征一法。四十年，庞尚鹏为浙江巡抚，初行十段锦法，后改行一条鞭法。十段锦法以丁粮或田亩派役，与当时徭役日益按地编派的倾向符合。当时在福建等地还施行过纲银法。纲银法将银差和力差改为代役银，量地计丁征收，比例是丁四粮六，与一条鞭法更加接近。
一条鞭法是一种比较全面的赋役改革，始行于嘉靖初年。庞尚鹏、王宗沐、刘光济、海瑞曾在浙江、江西、南直隶等地区陆续推行过。这些地方上的改革，对首辅张居正的改革措施不无启示和推动。
穆宗隆庆六年(1572)，徐阶的门生张居正勾通司礼太监冯保，取代高拱任首辅。为缓和阶级矛盾，挽救明朝统治的危机，他从军事、政治、经济等方面进行整顿，尤重于经济的改革，企图扭转嘉靖、隆庆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
隆庆五年，明政府在张居正等人的主持下，实行与蒙古俺答汗之间的茶马互市政策，张居正执政后，起用戚继光和李成梁等，加强了蓟门和辽东等地的边备，北方的边防更加巩固，在二三十年中，明朝和鞑靼没有发生过大战争，使北方暂免于战争破坏，农业生产有所发展。万历七年(1579)，张居正又以俺达汗为中介，代表明朝与西藏黄教首领达赖三世(索南坚错)建立了通好和封贡关系。
在政治上，张居正力求加强君主专制中央集权的政治制度，贯彻“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”的为政方针。他严格考察各级官吏，裁撤冗官冗员，提拔和重用有才能的官员，为提高行政效率，张居正于万历元年六月奏行考成法，处理章奏，事有责成，令有程限，立文符以考稽，不得延宕推诿，中央政令遂能较快地在全国实行。
张居正最突出的改革成就是在经济方面，首先他积极支持治黄治淮。万历六年，任命右都御史兼工部左侍郎潘季驯督修黄河。七年，河工告成，黄河不再南流入淮，漕船也可直达北京。丈量土地和赋役改革是张居正颁行的重要经济政策。他看到当时国匮民穷的根本原因是豪强兼并土地和贪吏盘剥农民。为“强公室、杜私门”，不顾豪强地主和勋戚的反对，于次年十一月下令各省清丈土地。任命户部尚书张学颜主持此事，并颁行清丈条例。这次清丈田亩，除补足原额外，有些省且多余额，全国土地的总额约有七百余万顷，比弘治时的土田数有显著增加，还清出一些浮粮，使豪强地主多少受到了抑制。九年，张居正又在此基础上，把嘉靖以来先后在浙江、江西、南直隶等地施行过的一条鞭法，在全国范围内推广实施。他当政期间到他逝世后十年中，是一条鞭法最盛行的时期，也是经过长期实践后，对这一赋役法的某些环节不断加以扬长弃短的时期。一条鞭法规定按照丁、粮派役，把一部分差役逐渐转入地亩之中，使一部分无地或少地的农民，多少减轻了丁役的负担。此法又规定把赋税和差役合编为一，这就简化了赋役的名目和征收的手续，使官吏和豪强地主不易通同作弊，勒索农民;还规定让农民交纳代役银，然后再由政府雇役，这种折银制度的确立，促进了明中叶以后商品货币经济的继续发展，农民对封建国家的人身依附关系也较前有一定的松弛。
张居正还注意减轻商税，强调农商并重。这种思想是与当时商品经济发展和资本主义萌芽的形势相适应的，并且贯彻在他所实行的通关市、减织造龙袍料和推广一条鞭法等措施之中。
明穆宗隆庆后期至神宗万历初期前后约二十年中，社会经济有所恢复和发展，国库积银达六七百万两之多，是与张居正的努力分不开的。
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