东晋的疆域区划有两个特点：
第一是，因为北土沦陷，衣冠南渡，往往将若干沦陷区域的名称移置南方，遥领失地，叫做“侨州郡县”。其目的，一则为了安置失地的流民，再则表示不忘故国，为早日恢复之本。这种“侨州郡县”，是时置时废，且移徙无常，非常混乱。
第二是，东晋没有固定的疆域，长江以北的淮河流域，河洛中原，与西方的蜀汉之地，在战争中是时得时失，影响到地方行政区划的建置，是时时变更。
东晋所据疆域，完整者只有扬、荆、江、湘、交、广六州而已，其他如豫州、徐州只占一部分，至于司、兖、梁、益、宁等州则数度出入。又凉州自凉州刺史张轨至张骏时，始终奉晋之正朔，虽与东晋相隔离，在名义上仍为东晋之领土。东晋州郡增减的变化甚大，现将其建置概况简列如下：
| 州 名 | 州 治 | 辖 郡 | 备 考 |
|---|---|---|---|
| 司州 （侨司州） | 荥阳 洛阳或虎牢 | 数度沦没、收复。变更无常，故从略 | |
| 兖州 | 廪丘 | 兖州境域常在沦陷中，统郡从略 | |
| 豫州 | 芜湖 | 邾城、武昌、牛渚、历阳、马头、谯城、寿春姑孰、汝阳、南顿、汝阴、新蔡、陈郡、颍川弋阳、西阳、淮南、庐江、晋熙、秦郡、义阳 | |
| 侨冀州 | |||
| 侨幽州 | |||
| 侨并州 | |||
| 侨雍州 | |||
| 东秦州 | |||
| 北秦州 | |||
| 侨秦州 | |||
| 梁州 | 南郑 后移苞中 | 汉中、魏兴、晋昌、新城、上庸、梓潼、晋寿 广汉、遂宁、涪郡、巴郡、巴西、宕渠、新巴汶阳、北巴 | |
| 益州 | 成都 | 蜀郡、宁蜀、晋原、江阳、犍为、汶山、越隽平乐、沈黎、东江阳 | |
| 宁州 | 云南 | 建宁、晋宁、牂牁、平蛮、夜郎、朱提、南广 清河、下邳、东莞、建都、兴古、西平、梁水永昌、云南、东河、西河、兴宁 | |
| 侨青州 | |||
| 北青州 | 东阳或高敖 | 齐郡、济南、乐安、高密、平昌、北海、东莱东牟、长广 | |
| 侨徐州 | |||
| 北徐州 | 彭城 | 彭城、沛郡、下邳、东海、谯郡、梁国、兰陵 琅邪、淮阳、宿预、东莞、东安 | |
| 荆州 | 江陵或武昌 | 南郡、南平、武宁、绥安、江夏、竟陵、襄阳南阳、顺阳、义阳、隋郡、新野、建平、宜都武陵、天门、巴东、临贺、始兴、始安 | |
| 扬州 | 建业 | 丹阳、宜城、吴郡、吴兴、会稽、东阳、新安临海、永嘉、义兴、晋陵 | |
| 江州 | 豫章或寿阳 | 寻阳、豫章、鄱阳、庐陵、临川、南康、建安 晋安、武昌、桂阳、安成 | |
| 湘州 | 长沙 | 长沙、衡阳、湘东、零陵、邵陵、营阳 | |
| 交州 | 龙编 | 交址、合浦、新昌、武平、九真、九德、日南 | |
| 广州 | 番禺 | 南海、东官、新会、苍梧、晋康、新宁、永平郁林、晋兴、桂林、高凉、宁浦、义安 |
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