新疆(为方便记述笔者在下面都统一使用这称呼)，古称西域(狭义指玉门以西、葱岭以东地区)，这一名称自汉代出现于我国史籍，一直沿用到清朝统一新疆，之后改称新疆。他处于亚洲大陆的腹地。据专家考证，曾有三十多个古代部落或民族在这里不断繁衍生息，使用过三十种以上的语言。
近代新疆各地考古发掘资料表明，还在大约距今二三千年以前的新石器时代，天山南北各地，诸如哈密的三道岭、七角井、吐鲁番盆的阿斯塔那、乌鲁木齐县的柴窝堡，以及木垒、奇台、伊犁、库车、巴楚、且末、于阗、皮山等地都已出现人类祖先活动的遗迹，其石器型制、打刻技术以及共存的陶器色彩、花纹与我国甘肃、内蒙、宁夏等地相近。但究竟是何种人几无法得知。
中国古代对新疆的了解，最早的是在周穆王见西王母的传说中，当然这并不完全可信。秦代与胡人争的是河套地区，势力并没扩张到新疆。对新疆真实具体记载当始自汉代，当时中国北方强大的匈奴王朝统治着新疆，汉王朝为打败匈奴遂决定“通西域，以断匈奴右臂，隔绝南羌，月氏”。公元前一二一年汉朝大将军霍去病大败驻牧在河西走廊一带的匈奴浑邪王和休屠王，汉朝在此置武威、酒泉两郡(后改为武威、张掖、酒泉、敦煌四郡)，从而切断了匈奴同氐、羌诸部的联系。将中国的势力扩大到了甘肃宁夏一带。公元前一○九年，汉军将领赵破奴等率部西征攻破楼兰、姑师等西域重镇。前一○二年，汉军攻破大宛城(今费尔干纳)，翌年，汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田，并置使者校尉统领之。公元前六○年，驻扎西域的日逐王贤掸降汉，天山南北诸地均归汉朝中央政府统属。中国第一次开始了对新疆及中亚一部的控制。
西汉末，内地政局不稳天山南北各地复陷入分裂割据状态。东汉初年，匈奴南下，重新统治了西域各地。公元七三年，东汉王朝派遣大军攻伐北匈奴，其中汉将窦固、耿忠等率部出酒泉，于天山一带击败匈奴呼衍王部，占据伊吾(今哈密市)。同时，班超受命顺天山南麓西进攻，南征北战，稳定了汉对新疆控制，这是中国第二次控制新疆。
东汉末，中原大乱，新疆不再接受中央控制，魏晋南北朝及隋王朝都未能完全恢复对新疆的控制，此时突厥人开始称霸西部，大部分新疆都在突厥汗国的控制之下。唐王朝空前强大，李世民击败突厥，唐在西域设立了安西大都护府和北庭大都护府，这是中国第三次控制新疆。
高仙芝兵败坦逻斯，安史之乱，使得中央政府再一次失去了对新疆的控制。回鹘汗国、喀喇汗王朝、高昌回鹘王国继起于新疆，十世纪初喀喇汗王朝开始信奉伊斯兰教。改变了回鹘及其它操突厥语系诸部族的宗教信仰，而且了逐渐取代了天山以南地区佛教的长达数百年的统治地位，并迫使原在天山以南地区长期流行的袄教、摩尼教、景教等其它宗教也退出这一地区。宋朝时契丹族败兵进入新疆，建立西辽政权，控制了新疆大部分地区。十三世纪蒙古人迅速崛起，一二一八年(嘉定十一年)，蒙古首领成吉思汗率大军横扫天山南北，灭西辽政权，不久，又把新疆的大部分地区分封给儿子察合台统治。是为察合台汗国。开始了蒙古族对新疆的控制(这也是很多人搞不清的根子，蒙古人成了新疆的主人)。
这时原在这里活动、并已经融合了众多操突厥语部落的“回鹘”，在汉文史籍中开始改写为“畏兀儿”。这说明，天山南北原许多操突厥语部落部族之间的长期融合过程已基本完成，近代意义上的维吾尔族已初步形成了!察合台汗国开始服从蒙古帝国的统治，后脱离元朝控制成为独立的汗国。
十四世纪初，察合台汗国统治层发生分裂，汗国分成东、西两部分，畏兀儿族集中生活的天山以南地区主要处于东察合台汗国(一三四八至一五一三年)统治之下。一三六百年(明太祖洪武元年)，蒙古统治者失去今北京后退回大漠南北。不久，东察合台汗国也发生内乱，四分五裂，今新疆境内出现许多割据政权，“地大者称国，小者止称地面”。这些政权的统治者虽然基本上还是蒙古贵族的后裔控制了新疆。
十五世纪初，已经畏兀儿化的蒙古察合台后裔赛伊德击败各政敌，于一五一四年(明武宗正德九年)率兵攻下喀什噶尔、叶尔羌、和阗等天山南部各地，消灭了东察合台汗国，在叶尔羌(今莎车)建立了新的政权，史称叶尔羌汗国。叶尔羌汗国后期，由于宗教中自称穆罕默德后裔的和卓势力的介入，汗国发生分裂，由白山派和黑山派轮流坐庄。
蒙古族此时分漠南蒙古(在今内蒙古)、漠北喀尔喀蒙古(在今外蒙古，明时称作鞑靼)和漠西厄鲁特蒙古(明时称作瓦刺，曾长期与明作战，一度俘明英宗，围北京，后与明约和)三大部。厄鲁特蒙古又分为四部，即准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部。四部各有其牧地，准噶尔部游牧于伊犁，和硕特部游牧于乌鲁木齐，杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河，土尔扈特部游牧于雅尔(即塔尔巴哈台)。一六四○年准噶尔汗国建立，首都伊犁。一六八○年准噶尔部首领噶尔丹，引准噶尔蒙古军队一万两千余人越天山南下，攻灭了叶尔羌汗国，控制了新疆。
噶尔丹得陇望蜀兼并四部，进攻漠北的喀尔喀蒙古，杀得该部王公贵族向清王朝求救，公元一六九○年康熙帝为制止噶尔丹继续南下出兵相拒，在乌兰布通(今内蒙古翁牛特旗西南)大败噶尔丹。一六九六年又败之于昭莫多，噶尔丹势穷自尽。其侄策妄阿拉布坦继汗位。一七一五年，准噶尔军攻入拉萨，清廷遣军入藏，又击败准噶尔军，迫其撤出西藏。一七二七年，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策继位，雍正九年(一七三一年)，在和通泊之战中大败清军。次年，清军发起光显寺之战，才打败准噶尔军队，双方都无力消灭对方，只好战罢谈和。乾隆十年(一七四五)，噶尔丹策零死，达瓦齐夺得汗位后，与阿睦尔撒纳互相攻伐。一七五四年，阿睦尔撒纳降清。次年，清朝乘机发兵，直捣伊犁，达瓦齐猝不及防，兵败被俘。阿睦尔撒纳随后在准噶尔掌权，可他不同意清朝分开四部的做法，意欲控制新疆。乾隆决定灭之，一七五七年清军在兆惠统领下从巴里坤(今属新疆)等地分路进击，阿睦尔撒纳全军覆没，只身逃沙俄，同年病死。清军屠灭准噶尔部数十万人，和准噶尔汗国打了近七十年仗最终得胜，蒙古族对新疆五百年的统治方告结束。
准噶尔部囚禁在伊犁的白山派和卓首领穆罕默特(已死)的两个儿子波罗尼都、霍集占兄弟(史称“大小和卓木”)被清军释放。大和卓返叶儿羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。次年，小和卓自立为巴图尔汗，与大和卓一起集众数十万叛乱，一七五八年乾隆命定边将军兆惠平回，一七五九年六月，兆惠和富德各率兵一万五千分别攻喀什噶尔和叶儿羌。大、小和卓弃城南逃，越葱岭西遁。清军追击，获叛军降卒一万两千余。八月，大、小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙执杀。清朝遂统一了新疆，这是中国对新疆的第四次控制。乾隆帝为这片新收入的土地起名叫??新疆!
一八四○年(清朝道光二十年)中国进入近代社会以后，受国内外形势的影响，新疆政局发生多次重大事件，影响到维吾尔族地区的稳定和发展：一是和卓后裔在南疆地区的多次作乱。大小和卓叛乱失败被杀后，其后裔流散到中亚各地。到道光初年，已长大成人的张格尔、玉素甫(大小和卓之孙一辈)在中亚浩罕汗国支持下，纠集追随者一再入卡作乱，一度攻占喀什噶尔、叶尔羌、和田等城。一八四○年以后，和卓后裔倭里罕、迈买的明、铁完库里等(大小和卓重孙一辈)又不断入卡作乱。到一八六六年(清朝同治五年)时，全疆出现了以伊犁为中心的苏丹政权，以乌鲁木齐为中心的妥得麟政权、以库车为中心的热西丁政权、和以和田、喀什、叶尔羌等为中心的各个地方政权。在这些政权中，除乌鲁木齐妥得麟政权主要是以回族为主的政权外，其它各地建立的政权几乎都是以维吾尔族为主建立的政权。一八六五年(清朝同治四年)初，浩罕军官阿古柏与和卓后裔布素鲁克(张格尔之子)侵入喀什噶尔。阿古柏利用“和卓(圣裔)”、“圣战”名义，先后击败叶尔羌、和田、库车、乌鲁木齐等各地并存的政权，占据了天山以南及乌鲁木齐等新疆大部分地区。建立了哲尔沙得汗国(意为七城汗国)。中央政府再次失去对新疆的控制。
一八七五年(清朝德宗光绪五年)清朝政府任命陕甘总督左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，收复新疆。于一八七七年(光绪三年)把击败阿古柏军队，将之驱逐出新疆。这是中国对新疆的第五次控制。
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