山西中医学院经国务院批准于1989年6月正式挂牌成立，同年开始招收本科生。2007年4月，学校以“良好”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。2008年2月，学校获得了硕士单位授予权，2009年开始招收硕士研究生。学校现已成为山西省中医药教育、科研、医疗的中心。
学校办学实力不断壮大，机构设置日趋合理。学校占地面积262亩，建筑面积13.8万平方米。正在规划建设中的新校区位于山西省高校新校区，占地911.34亩，规划建筑面积33.31万平方米，预计投资10.5亿元，今年9月将实现首批学生入驻。学校现有固定资产总值3.6亿元，其中教学科研仪器设备总值4813万元。图书馆建筑面积为1.62万平方米，馆藏纸质图书44.6万册、电子图书近33.8万册，数字资源总量超过9TB，是山西省中医药信息中心、山西省高等院校图书馆自动化建设乙级馆。校本部设有基础医学院、中医临床学院、针灸推拿学院等12个教学单位，另有一所办学体制相对独立的专科层次二级学院——山西中医学院推拿职业技术学院。学校设有61个教研室，18个教学实验室。其中，中医学基础实验室为省级医学重点实验室，中药化学实验室、针灸学实验室为省级基础课示范实验室，中药分析实验室为省级普通高校实验教学示范中心。
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