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中国海监总队的主要职能是依照有关法律和规定，对中国管辖海域（包括海岸带）实施巡航监视，查处侵犯海洋权益、违法使用海域、损害海洋环境与资源、破坏海上设施、扰乱海上秩序等违法违规行为，并根据委托或授权进行其他海上执法工作。根据中华人民共和国2013年《国务院关于部委管理的国家局设置的通知》，国家海洋局及其下属中国海监总队、原农业部中国渔政、原公安边防海警和原海关总署缉私警察整合为新的国家海洋局。重新组建的国家海洋局，以中国海警局名义开展海上维权执法，同时接受公安部业务指导。