学校分为农业部和工学部以及相应的大学院研究科室，其中，农学研究院中又分成了生物生产科学、共生持续社会学、应用生命化学、生物制御科学、环境资源物质科学、物质循环环境科学、自然环境保全学、农业环境工学、国际环境农学、植物生命科学以及生物系统科学。
该学院主要研究随着人类活动加大而导致的食物来源·资源问题，环境问题人口问题等基本问题，提出相应的解决方案，直面因为人类生存导致地球自然系统平衡被破坏的课题。同时与时俱进，发展可持续的农业开发、农产品物流加工消费等先端科学技术。利用应用科学技术解决生命现象和生物机能等问题。所得出的研究成果一方面教授给学生，同时也向政府，自治公益团体，生物产业相关机关企业以及相应区域提供更加广阔的学术研究活动，推进与其他学校机关团体的交流与合作。
东京农业大学农业专业积极加强学校与学校间的相互合作，特别是与中国高校之间交流，主页面上更是设立了中文语言选择。方便中国留学生阅览。东京农业大学农业专业在对待留学生的态度上非常的积极，同时对待留学生的待遇也是想到的好。各种奖学金制度不仅刺激了学生们学习的兴趣，同时也对外国留学生能够适应日本物价消费起到了一定的帮助和补贴作用。
东京农业大学农业专业一方面培养者优秀的人才，另一方面加强与其他高校如早稻田、山梨大学等学校的合作，与相应组织机构的合作。将农业专业打造成学以致用的最前沿科学。
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