近年来，该校不断深化研究生教育制度改革，加大高层次人才培养力度，在一线部队建立研究生工作站，与浙江大学、南京大学等10余个军地科研院所建立联合培养机制；加强导师动态资格评估，要求导师100%有军队级以上科研课题支撑；依托4个国家重点（培育）学科、9个江苏省一级重点（培育）学科和10个“2110工程”重点建设学科专业领域，创建良好的培养环境。
为严把研究生培养质量关，该校从2012年开始对当年度授予学位的研究生学位论文进行“回头看”，经双盲评审、专家复议、集中评议，对抽查结果不合格的学位论文一律撤销其作者学位。
一系列改革举措，推动了该校研究生培养质量不断提升。近年来，该校毕业的研究生在重大项目研制、重大演习活动，以及抢险救灾等多样化军事任务中发挥了积极作用。