1582年，与早年许多在教廷特许(Papal Charter)下成立的大学不同，爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世(James VI)的特许(Royal Charter)和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下展开筹建;翌年，大学正式成立，作为欧洲宗教改革运动之后的第一所市立大学(Civic University)，其最初的名称是“唐尼斯学院”(Tounis College)，这是苏格兰的第四所也是整个英语圈的第六所大学。
在18世纪欧洲启蒙运动的浪潮中，爱丁堡大学逐渐成为学术中心和欧洲主要大学之一。著名的大哲学家休谟(David Hume)年轻时便在学校受教和成长。在1789年老学院(Old College)兴建之前，学校并没有专属的校园，如今这座建筑物仍然屹立于爱丁堡老城的南桥街(South Bridge)和钱伯街(Chamber Street)交接处;当初它的设计者是罗伯特·亚当(Robert Adam)。
爱丁堡大学是罗素集团(Russell Group)(成员大学都是以研究为引导的英国大学)的一个成员。 它也是唯一一所 (除牛津和剑桥外) 成为 Coimbra group和 the LERU : 两个欧洲大学领导协会成员的大学。依据在 2005 年泰晤士报排名,在大约120个英国学院中,爱丁堡名列第五。 在 2005 年，它被苏格兰星期天泰晤士报评为年度苏格兰大学。 在上海交通大学最近的世界大学排名中, 爱丁堡在欧洲排列第十，在全世界排名第30 。爱丁堡大学是Universitas 21(研究型大学的国际协会) 的一员.
依照Sutton Trus(2002),爱丁堡有在英国大学之中有第三大的共1亿6千万英镑的财政捐助 。 它也是第三大的学生捐助的学校。
| 排名名称 | 名次 |
| 英国大学护理专业排名 | 第1名 |
| 英国大学药理学与制药学专业排名 | 第1名 |
| 英国大学医学专业排名 | 第3名 |
| 英国大学兽医学专业排名 | 第3名 |
| 英国大学中东及非洲研究专业排名 | 第4名 |
| 英国大学解剖和生理学专业排名 | 第4名 |
