世界有不同的大学排名，以下列出了香港科大在当中一些较有影响力的大学排名的名次：
上海交大世界大学学术排名（2012）：世界第201-300位之间，香港第3-5位。
QS世界大学排名 （2012）：世界第33位，亚洲第4位，香港第2位（第一为香港大学）
QS亚洲大学排名（2012）：亚洲及香港第1位。
泰晤士高等教育全球大学排名（2012-13）：世界第65位，亚洲第9位，香港第2位（第一为香港大学）
香港科技大学的地标──位于广场正中央的日晷香港科技大学是因为1980年代经济结构转变而起。由于香港已经进入经济转接期，香港政府预计香港经济会转型为以高科技与商业为主，而工商业要求有更多大学生配合，所以当时香港政府就决定兴建第三间大学，以配合这个需要。1984年，中英联合声明被签署，确认英国将于1997年将香港主权移交予中华人民共和国，而当时的英军便分批撤走，部份军营也因此而空置。1986年，香港政府选址新界清水湾半岛北部大埔仔的前高希马军营（Kohima Camp）兴建香港科技大学，动工之前香港童军总会更特意在该处举办一个大型露营「香港钻禧大露营」。
1988年，当香港科技大学尚在兴建中，吴家玮被委任为第一任校长。由于兴建期间，香港通货膨胀的情况相当严重，所以相比预算之下出现严重超支，备受各方指责。由于大学设备的先进及豪华，因而被舆论批评为「劳斯莱斯大学」，认为大学十分奢侈。另一方面，虽然大学于兴建前曾举办过设计比赛，但最终并没有使用第一名的设计，也受到当时香港立法局议员的质疑，这些批评一直持续了好几年。
为了推动科技突破，科大仿效普林斯顿大学之「普林斯顿高等研究院」，在2006年成立了「高等研究院」（简称高研院），并邀得著名物理学家杨振宁作为国际顾问委员会主席。
