巴拉圭大学的数量在近二十年间成长快速，从原本的2所增加到目前的52所，总计119个学院，1,573个学系，其中经「国家高等教育评监认证中心」（Aneaes）考评通过的系所有如凤毛麟角，不到2%，其余绝大部份从来没有申请进行这项程序，其中攸关国民健康的医学院，全国十八所之中只有国立亚松森大学医学院通过评监。同时，全国也没有任何一所大学的所有系所都经评监合格，包括首屈一指的国立亚松森大学在内。
其次，全国85%的大学都设有商管学院，相关的企管、国贸、财管、行销、会计、经济等学系在全国加总共有192个，但通过评监的连一个都没有。今(2012)年亚大商管学院的入学考试吸引了约2,900人报名，人数高於其他学院，显示该领域的需求量极大。然而，商管学院在快速成长的同时，却没有在教学品质上提供任何客观的保障。另近年间，商管学院成立的数量远多於其他学院，原因有二：其一为开课成本较低，除了教室之外，无需其他的实验或实习设备，有些内地的大学或分校甚至连图书馆都付之阙如；其二是课程时数较少，且多安排在下午四点以後上课，替半工半读的学生提供了便利。
巴国高等教育除了品质堪忧外，某些系所的过度供给，没有考虑到社会需求及学生的未来就业，也造成了许多问题，其中最明显的例子就是法学院。与其他许多拉丁美洲国家一样，巴国大学生自法学院毕业後无需经国家考试通过，就直接授予「律师」头衔，并获得执业资格，从而导致国内满街无业律师的现象。
目前巴国各大学（含分校）共设有85所法学院，水准良莠不齐，每年毕业生总数近2,500人，国内合法登录的律师更高达32,000余人，人数之多甚至连律师公会都难以掌握，惟其中学识平庸者占极大比例，更遑论法律专业能力。造成这种情况的原因除了与前述商管学院相同的二点之外，巴国在1989年摆脱长达35年的独裁统治，走上民主化道路，也激起了年轻人对於法学的兴趣。
近来巴国高等教育还有一个乱象，就是许多私立大学设立了一些非传统的学系，如药品管理、消防与紧急救难、光学、职业疾病疗护、保险等，其中有些充其量只能算是学科，但却被扩张成一个依法必须修读四年，至少须开设2,700小时课程的学系。更离谱的是依现行大学法的规定，即使这些学系明显有譁众取宠及名实不符之弊，教育部也无权干涉或拒绝其设立，同时也无人能强迫这些大学向Aneaes提出评监申请，一切只能仰赖学生自主筛选。
整体而言，巴拉圭高等教育的「商品化」已是一个既成事实，高教法规的疏漏应对此负起最大的责任，补救之道唯有修法一途，然而，拟议经年的高等教育法草案却因行政当局、大学、财团政客等各有坚持，立场难以协调，以致迟迟无法定案，预料今年内获得通过的可能性趋近於零。
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