2012年上海交大通过“自主选拔录取改革试验”，预录取了692名上海考生。依据有关章程，上海交大已经完成了2012年保送生、艺术特长生、体育特长生的选拔，认定名单已送教育部阳光平台公示。
在今年的高考计划中，上海交大专门拿出30个名额，定向用于“扶贫计划”，向中西部15个省份的国家级贫困县定向招生。专业覆盖环境、农业、医学、机械、化学等与当地发展密切相关的领域。
除了已有的数学-金融、工科-管理等学科交叉领域试点班，今年上海交大新增涉外法律、生物-信息、新能源科学与工程三个交叉学科专业。上海交大与法国巴黎高科技工程师学校集团合作，创办工科试验班类(中外合作办学)。
2012年，上海交大校本部与交大医学院依然实行两个代码招生。临床医学方向新增加了两个专业方向——临床医学(儿科学方向)和临床医学(英语班)。临床医学专业(儿科学方向)面向全国招生，计划招生人数为30人。该专业方向开展双语教学，学业成绩优秀者择优予以参加国际交流项目。临床医学(英语班)，基础和临床课程以英语授课，引进各学科的原版参考书籍，主干课程有外籍教授来校参与教学，各阶段考核优秀者被选送国外知名的医学院校学习或见实习。