东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积40公顷 ，全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及部分后勤设施所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地。原校本区的旧校门枣红门所在地，原为江户时代藩主迎接家庭成员的地方，大门被漆成朱红色。后经东京大地震和二次大战的破坏，1949年被国家定为重点文物。1991年重新修缮一新，十分有气派，现红门成为东京大学的代名词。
国内高校排名
全球高校网（4ICU）国家高校排名 第2位
奈杰尔·沃德（Nigelward）日本前30位大学排名 第1位
全球高校排名
美国《新闻周刊》世界100强大学排名 第16位
韦伯麦特里克斯网(Webometrics)世界大学排名第52位
法国巴黎高等矿业学院世界大学排名 第1位亚洲排名
QS亚洲大学排名
| 排名 | 大学院校 | 国家或地区 | 得分 |
| 1 | 香港科技大学 | 中国香港 | 100.00 |
| 2 | 香港大学 | 中国香港 | 99.80 |
| 3 | 新加坡国立大学（NUS） | 新加坡 | 99.30 |
| 4 | 日本东京大学 | 日本 | 97.40 |
| 5 | 香港中文大学 | 中国香港 | 97.20 |
| 6 | 首尔大学 | 韩国 | 96.90 |
| 7 | 京都大学 | 日本 | 96.30 |
| 8 | 大阪大学 | 日本 | 96.10 |
| 9= | 东北大学 | 日本 | 94.30 |
| 9= | 日本东京工业大学 | 日本 | 94.30 |
| 11 | 韩国科学技术院 | 韩国 | 94.20 |
| 12 | 浦项科技大学 | 韩国 | 93.60 |
| 13 | 北京大学 | 中国 | 93.30 |
| 14 | 名古屋大学 | 日本 | 92.80 |
| 15 | 香港城市大学 | 中国香港 | 91.20 |
| 16 | 清华大学 | 中国 | 90.20 |
| 17 | 南洋理工大学（NTU） | 新加坡 | 89.40 |
| 18= | 九州大学 | 日本 | 86.90 |
| 18= | 延世大学 | 韩国 | 86.90 |
| 20 | 北海道大学 | 日本 | 85.80 |
