专业设置
捷克语授课的，包括：
天主教神学院(布拉格)
新教神学院 (布拉格)
胡斯教派神学院 (布拉格)
法律学院 (布拉格)
第一医学院(布拉格)
第二医学院(布拉格)
第三医学院(布拉格)
医学院(比尔森)
医学院 (柯拉待思)
药学院
哲学院 (布拉格)
自然科学院 (布拉格)
数学和物理学院 (布拉格)
教育学院(布拉格)
社会科学院 (布拉格)
体育运动学院(布拉格)
人文科学院 (布拉格)
英语授课的，包括以下院系:
英语是除捷克语之外的主要教学用语。
哲学院
包括电影、戏剧、历史、逻辑学、教育社会学、语言学和语音学以及4年全日制的文科学士专业。
法律院
医学系
5个医学系基本上都接收留学生，全日制学生课程(包括基础课和临床前研究)均用英语讲授。
社会科学院
英语讲授的专业有：社会学基础、捷克和斯伐克社会学、捷克语言、政治研究、电影和摄影新闻学、经济学、大众传播。
数学与物理院
5年制专业和3年研究生专业均用英语教学(如固体光学、X光结构分析、理论地球物理学、激光光谱学等)。
体育运动系：
英语授课的专业包括5年专业，3年哲学博士专业以及体育运动和康复两个专业。
自然科学系：
该系的地质学、地理学和生物学等学士专业、自 然环境保护硕士专业(3年制)和哲学博士专业(两年制)用英语讲授。
其他用英语授课的专业是地球化学，地质学基础与沉积地质学，应用地球物理学，工程地质学与水利地质学，地理学与制图学，地理学，社会学与经济学中的人口学，分析化学、无机化学、物理化学、核化学、生物化学、普通化学、特殊生物学与生态学、微生物学与遗传学、自然环境保护等。
药学院
药学学制5年，也用英语授课。
德语授课
哲学院的捷克研究、文学、动画片、中欧史、欧洲现代史、应用语言学、理论数学语言学;
体育运动学院的部分专业;
神学院根据学校与教会的协议而定。
法语授课
哲学院 文学史与语言学专业
体育运动院的部分专业
查理大学还在文学史和语言史等专业用西班牙语和俄语讲授课程。
学制：
本科：三年：
硕士：二年;
博士：三年
学士申请要求：
1、高中及以上学历毕业(中捷或中英文公证)
2、毕业成绩单(中捷或中英文公证)
3、出生公证
4、留学目的书
5、个人简历和学习计划
硕士申请要求：
1、本科学历毕业(中捷语公证)
2、毕业成绩单(中捷语公证)
3、出生公证
4、留学目的书
5、个人简历和学习计划
申请时间：
语言预科可随时申请，申请学士课程必须在每年有7月1日前。申请硕士课程在每年10月1日前
费用(2008-2009)：
语言预科：4790欧元。
大学课程，捷克语授课的免学费， 英、法、德语授课的收学费(3000-8000欧元)
