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按生源途径并结合化学结构类型，生物碱主要可分为以下类型。
(一)鸟氨酸系生物碱
1.吡咯烷类生物碱：如益母草中的水苏碱、山莨菪中的红古豆碱等。
2.茛菪烷类生物碱：主要存在于茄科的颠茄属、曼陀罗属、莨菪属和天仙子属中，如莨菪碱。
3.吡咯里西啶类生物碱：吡咯里西啶为两个吡咯烷共用一个氮原子稠合而成，主要分布于菊科千里光属中，如大叶千里光碱。
(二)赖氨酸系生物碱
1.蒎啶类：如胡椒中的胡椒碱、槟榔中的槟榔碱、槟榔次碱等。
2.喹诺里西啶类：两个蒎啶共用一个氮原子稠合而成的衍生物。主要分布于豆科、石松科和千屈菜科。如野决明中的金雀儿碱和苦参中的苦参碱等。
3.吲哚里西碇类：为蒎啶和吡咯共用一个氮原子稠合的衍生物。主要分布于大戟科一叶萩属植物中。本类化合物数目较少，但有较强的生物活性，如存在于一叶萩中的一叶萩碱对中枢神经系统有兴奋作用。
(三)苯丙氨酸和酪氨酸系生物碱
1.苯丙胺类生物碱：麻黄中的麻黄碱、伪麻黄碱。
2.异喹啉类生物碱：
(1)小檗碱类和原小檗碱类：前者多为季铵碱，如黄连、黄柏、三棵针中的小檗碱;后者多为叔胺碱，如延胡索中的延胡索乙素。
(2)苄基异喹啉类：如罂粟中的罂粟碱、厚朴中的厚朴碱等。
(3)双苄基异喹啉类：如存在于防己科北豆根中的蝙蝠葛碱。
(4)吗啡烷类：如罂粟中的吗啡、可待因，青风藤中的青风藤碱等。
(四)色氨酸系生物碱(吲哚类生物碱)
是类型较多、结构较复杂、化合物数目最多的一类生物碱。主要分布于马钱科、夹竹桃科、茜草科等几十个科中。如存在于吴茱萸中的吴茱萸碱，麦角菌中的麦角新碱等。
(五)萜类生物碱
1.单萜类生物碱：主要为环烯醚萜衍生的生物碱，多分布于龙胆科。如龙胆碱。
2.倍半萜类生物碱：主要分布于兰科石斛属植物中，如石斛中的石斛碱。
3.二萜类生物碱：主要存在于毛茛科乌头属、翠雀属和飞燕草属植物中，基本母核为四环二萜或五环二萜。如乌头碱、乌头次碱。另外，红豆杉属植物中紫杉醇等紫杉烷类生物碱，也为二萜生物碱。具有抗癌作用。
(六)甾体类生物碱
都具有甾体母核，但氮原子均不在甾体母核内。如存在于黄杨科黄杨属植物中的环常绿黄杨碱D，藜芦中的藜芦胺碱。
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